source: icGREP/icgrep-devel/icgrep/editd/editd.cpp @ 5215

Last change on this file since 5215 was 5215, checked in by lindanl, 2 years ago

edtid GPU optimization: merging result in GPU.

  • Property svn:executable set to *
File size: 24.7 KB
Line 
1/*
2 *  Copyright (c) 2015 International Characters.
3 *  This software is licensed to the public under the Open Software License 3.0.
4 *  icgrep is a trademark of International Characters.
5 */
6
7#include <string>
8#include <iostream>
9#include <iomanip>
10#include <fstream>
11#include <sstream>
12
13
14#include <toolchain.h>
15#include <pablo/pablo_toolchain.h>
16#include <llvm/IR/Function.h>
17#include <llvm/IR/Module.h>
18#include <llvm/ExecutionEngine/ExecutionEngine.h>
19#include <llvm/ExecutionEngine/MCJIT.h>
20#include "llvm/Linker/Linker.h"
21
22#include <llvm/Support/CommandLine.h>
23#include <llvm/Support/raw_ostream.h>
24
25#include <re/re_cc.h>
26#include <cc/cc_compiler.h>
27#include <pablo/function.h>
28#include <pablo/pablo_compiler.h>
29#include <pablo/pablo_kernel.h>
30#include <IDISA/idisa_builder.h>
31#include <IDISA/idisa_target.h>
32#include <kernels/streamset.h>
33#include <kernels/interface.h>
34#include <kernels/kernel.h>
35#include <kernels/s2p_kernel.h>
36#include <editd/editdscan_kernel.h>
37#include <kernels/pipeline.h>
38
39#include <re/re_alt.h>
40#include <editd/pattern_compiler.h>
41
42// mmap system
43#include <boost/filesystem.hpp>
44#include <boost/iostreams/device/mapped_file.hpp>
45#include <fcntl.h>
46
47#ifdef CUDA_ENABLED
48#include <editd/EditdCudaDriver.h>
49#include <editd/editd_gpu_kernel.h>
50#endif
51
52static cl::list<std::string> inputFiles(cl::Positional, cl::desc("<regex> <input file ...>"), cl::OneOrMore);
53
54static cl::list<std::string> pattVector("e", cl::desc("pattern"), cl::ZeroOrMore);
55static cl::opt<std::string> PatternFilename("f", cl::desc("Take patterns (one per line) from a file"), cl::value_desc("regex file"), cl::init(""));
56
57static cl::opt<bool> CaseInsensitive("i", cl::desc("Ignore case distinctions in the pattern and the file."));
58
59static cl::opt<int> editDistance("edit-dist", cl::desc("Edit Distance Value"), cl::init(2));
60static cl::opt<int> optPosition("opt-pos", cl::desc("Optimize position"), cl::init(8));
61static cl::opt<int> stepSize("step-size", cl::desc("Step Size"), cl::init(3));
62static cl::opt<int> prefixLen("prefix", cl::desc("Prefix length"), cl::init(4));
63
64using namespace kernel;
65using namespace pablo;
66
67std::string IRFilename = "editd.ll";
68std::string PTXFilename = "editd.ptx";
69
70struct matchPosition
71{
72    size_t pos;
73    size_t dist;
74};
75
76std::vector<struct matchPosition> matchList;
77std::vector<std::vector<std::string>> pattGroups;
78
79void run_second_filter(int total_len, int pattern_segs, float errRate){
80   
81    if(matchList.size() == 0) return;
82
83    //remove the duplicates
84    bool cleared = true;
85    while(cleared){
86        cleared = false;
87        for (unsigned i=0; i<matchList.size()-1; i++){
88            if(matchList[i].pos == matchList[i+1].pos && matchList[i].dist == matchList[i+1].dist){
89                matchList.erase(matchList.begin() + i);
90                cleared = true;
91            }
92        }
93    }
94
95    //Sort match position
96    bool exchanged = true;
97    while(exchanged){
98        exchanged = false;
99        for (unsigned i=0; i<matchList.size()-1; i++){
100            if(matchList[i].pos > matchList[i+1].pos){
101                size_t tmp_pos = matchList[i].pos;
102                size_t tmp_dist = matchList[i].dist;
103                matchList[i].pos = matchList[i+1].pos;
104                matchList[i].dist = matchList[i+1].dist;
105                matchList[i+1].pos = tmp_pos;
106                matchList[i+1].dist = tmp_dist;
107                exchanged = true;
108            }
109        }
110    }
111
112    std::cerr << "pattern_segs = " << pattern_segs << ", total_len = " << total_len << std::endl;
113
114    int v = pattern_segs * (editDistance+1) - total_len * errRate;
115
116    int startPos = matchList[0].pos;
117    int sum = matchList[0].dist;
118    int curIdx = 0;
119    unsigned i = 0;
120    int count = 0;
121    while (i < matchList.size()){
122        if(matchList[i].pos - startPos < total_len * (errRate+1)){
123            sum += matchList[i].dist;
124            i++;
125        }
126        else{
127            if(sum > v) count++;
128            sum -= matchList[curIdx].dist;
129            curIdx++;
130            startPos = matchList[curIdx].pos;
131        }
132    }
133    std::cout << "matching value is " << v << std::endl;
134    std::cout << "total candidate from the first filter is " << matchList.size() << std::endl;
135    std::cout << "total candidate from the second filter is " << count << std::endl;
136}
137
138extern "C" {
139void wrapped_report_pos(size_t match_pos, int dist) {
140        struct matchPosition curMatch;
141        curMatch.pos = match_pos;
142        curMatch.dist = dist;
143        matchList.push_back(curMatch);
144        // std::cout << "pos: " << match_pos << ", dist:" << dist << "\n";
145    }
146
147}
148
149void icgrep_Linking(Module * m, ExecutionEngine * e) {
150    Module::FunctionListType & fns = m->getFunctionList();
151    for (Module::FunctionListType::iterator it = fns.begin(), it_end = fns.end(); it != it_end; ++it) {
152        std::string fnName = it->getName().str();
153        if (fnName == "wrapped_report_pos") {
154            e->addGlobalMapping(cast<GlobalValue>(it), (void *)&wrapped_report_pos);
155        }
156    }
157}
158
159void get_editd_pattern(int & pattern_segs, int & total_len) {
160 
161    if (PatternFilename != "") {
162        std::ifstream pattFile(PatternFilename.c_str());
163        std::string r;
164        if (pattFile.is_open()) {
165            while (std::getline(pattFile, r)) {
166                pattVector.push_back(r);
167                pattern_segs ++; 
168                total_len += r.size(); 
169            }
170            std::sort(pattVector.begin(), pattVector.end());
171            unsigned i = 0;
172            while(i < pattVector.size()){
173                std::vector<std::string> pattGroup;
174                std::string prefix = pattVector[i].substr(0, prefixLen);
175                while(i < pattVector.size() && pattVector[i].substr(0, prefixLen) == prefix){
176                    pattGroup.push_back(pattVector[i]);
177                    i++;
178                } 
179                pattGroups.push_back(pattGroup);
180            }
181            pattFile.close();
182        }
183    }
184   
185    // if there are no regexes specified through -e or -f, the first positional argument
186    // must be a regex, not an input file.
187   
188    if (pattVector.size() == 0) {
189        pattVector.push_back(inputFiles[0]);
190        inputFiles.erase(inputFiles.begin());
191    }
192}
193
194Function * editdPipeline(Module * mMod, IDISA::IDISA_Builder * iBuilder, PabloFunction * function) {
195   
196    ExternalFileBuffer ChStream(iBuilder, StreamSetType(iBuilder, 4, i1));
197    SingleBlockBuffer MatchResults(iBuilder, StreamSetType(iBuilder, editDistance + 1, i1));
198
199    pablo_function_passes(function);
200    PabloKernel editdk(iBuilder, "editd", function);
201    kernel::editdScanKernel editdScanK(iBuilder, editDistance);
202   
203    std::unique_ptr<Module> editdM = editdk.createKernelModule({&ChStream}, {&MatchResults});
204    std::unique_ptr<Module> scanM = editdScanK.createKernelModule({&MatchResults}, {});               
205   
206    editdk.addKernelDeclarations(mMod);
207    editdScanK.addKernelDeclarations(mMod);
208
209    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
210    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(mMod->getContext());
211    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), 8), 1), 0);
212   
213    Function * const main = cast<Function>(mMod->getOrInsertFunction("Main", voidTy, inputType, size_ty, nullptr));
214    main->setCallingConv(CallingConv::C);
215    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
216   
217    Value * const inputStream = &*(args++);
218    inputStream->setName("input");
219    Value * const fileSize = &*(args++);
220    fileSize->setName("fileSize");
221   
222    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(mMod->getContext(), "entry", main,0));
223
224    ChStream.setStreamSetBuffer(inputStream, fileSize);
225    MatchResults.allocateBuffer();
226   
227    Value * editdInstance = editdk.createInstance({});
228    Value * scanMatchInstance = editdScanK.createInstance({});
229   
230    generatePipelineLoop(iBuilder, {&editdk, &editdScanK}, {editdInstance, scanMatchInstance}, fileSize);
231       
232    iBuilder->CreateRetVoid();
233   
234    Linker L(*mMod);
235    L.linkInModule(std::move(editdM));
236    L.linkInModule(std::move(scanM));
237   
238    return main;
239}
240
241Function * preprocessPipeline(Module * mMod, IDISA::IDISA_Builder * iBuilder, PabloFunction * function) {
242    Type * mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
243   
244    ExternalFileBuffer ByteStream(iBuilder, StreamSetType(iBuilder,1, 8));
245    SingleBlockBuffer BasisBits(iBuilder, StreamSetType(iBuilder,8, 1));
246    ExternalFileBuffer CCResults(iBuilder, StreamSetType(iBuilder,4, 1));
247
248    s2pKernel  s2pk(iBuilder);
249    std::unique_ptr<Module> s2pM = s2pk.createKernelModule({&ByteStream}, {&BasisBits});
250
251    pablo_function_passes(function);
252    PabloKernel  ccck(iBuilder, "ccc", function);
253   
254    std::unique_ptr<Module> cccM = ccck.createKernelModule({&BasisBits}, {&CCResults});
255   
256    s2pk.addKernelDeclarations(mMod);
257    ccck.addKernelDeclarations(mMod);
258
259    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
260    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(mMod->getContext());
261    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, 8), 1), 0);
262    Type * const outputType = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, 4), 0);
263   
264    Function * const main = cast<Function>(mMod->getOrInsertFunction("Main", voidTy, inputType, size_ty, outputType, nullptr));
265    main->setCallingConv(CallingConv::C);
266    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
267   
268    Value * const inputStream = &*(args++);
269    inputStream->setName("input");
270    Value * const fileSize = &*(args++);
271    fileSize->setName("fileSize");
272    Value * const outputStream = &*(args++);
273    outputStream->setName("output");
274   
275    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(mMod->getContext(), "entry", main,0));
276
277    ByteStream.setStreamSetBuffer(inputStream, fileSize);
278    BasisBits.allocateBuffer();
279    CCResults.setStreamSetBuffer(outputStream, fileSize);
280   
281    Value * s2pInstance = s2pk.createInstance({});
282    Value * cccInstance = ccck.createInstance({});
283   
284    generatePipelineLoop(iBuilder, {&s2pk, &ccck}, {s2pInstance, cccInstance}, fileSize);
285       
286    iBuilder->CreateRetVoid();
287   
288    Linker L(*mMod);
289    L.linkInModule(std::move(s2pM));
290    L.linkInModule(std::move(cccM));
291   
292    return main;
293}
294
295
296typedef void (*preprocessFunctionType)(char * byte_data, size_t filesize, char * output_data);
297
298preprocessFunctionType preprocessCodeGen() {
299                           
300    LLVMContext TheContext;
301    Module * M = new Module("preprocess", TheContext);
302    IDISA::IDISA_Builder * idb = IDISA::GetIDISA_Builder(M);
303    ExecutionEngine * preprocessEngine = nullptr;
304
305    PabloFunction * function = PabloFunction::Create("preprocess"); // , 8, 4
306    cc::CC_Compiler ccc(*function);
307    PabloBuilder & pb = ccc.getBuilder();
308
309    PabloAST * A = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x41), re::makeCC(0x61)), pb);
310    PabloAST * C = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x43), re::makeCC(0x63)), pb);
311    PabloAST * T = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x54), re::makeCC(0x74)), pb);
312    PabloAST * G = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x47), re::makeCC(0x67)), pb);
313
314    Var * pat = function->addResult("pat", getStreamTy(1, 4));
315
316    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 0), A);
317    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 1), C);
318    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 2), T);
319    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 3), G);
320
321    llvm::Function * main_IR = preprocessPipeline(M, idb, function);
322
323    preprocessEngine = JIT_to_ExecutionEngine(M);
324   
325    preprocessEngine->finalizeObject();
326
327    delete idb;
328    return reinterpret_cast<preprocessFunctionType>(preprocessEngine->getPointerToFunction(main_IR));
329}
330
331typedef void (*editdFunctionType)(char * byte_data, size_t filesize);
332
333editdFunctionType editdCodeGen(std::vector<std::string> patterns) {
334                           
335    LLVMContext TheContext;
336    Module * M = new Module("editd", TheContext);
337    IDISA::IDISA_Builder * idb = IDISA::GetIDISA_Builder(M);
338    ExecutionEngine * editdEngine = nullptr;
339
340    PabloFunction * function = PabloFunction::Create("editd"); // , 4, editDistance + 1
341    PabloBuilder main (function->getEntryBlock());
342
343    Var * pat = function->addParameter("pat", getStreamTy(1, 4));
344
345    PabloAST * basisBits[4];
346
347    basisBits[0] = main.createExtract(pat, 0, "A");
348    basisBits[1] = main.createExtract(pat, 1, "C");
349    basisBits[2] = main.createExtract(pat, 2, "T");
350    basisBits[3] = main.createExtract(pat, 3, "G");
351
352    re::Pattern_Compiler pattern_compiler(*function);
353    pattern_compiler.compile(patterns, main, basisBits, editDistance, optPosition, stepSize);
354
355    llvm::Function * main_IR = editdPipeline(M, idb, function);
356
357    editdEngine = JIT_to_ExecutionEngine(M);
358   
359    editdEngine->finalizeObject();
360
361    delete idb;
362    return reinterpret_cast<editdFunctionType>(editdEngine->getPointerToFunction(main_IR));
363}
364
365char * chStream;
366int size;
367
368char * preprocess(preprocessFunctionType fn_ptr) {
369    std::string fileName = inputFiles[0];
370    size_t fileSize;
371    char * fileBuffer;
372   
373    const boost::filesystem::path file(fileName);
374    if (exists(file)) {
375        if (is_directory(file)) {
376            exit(0);
377        }
378    } else {
379        std::cerr << "Error: cannot open " << fileName << " for processing. Skipped.\n";
380        exit(0);
381    }
382   
383    fileSize = file_size(file);
384    boost::iostreams::mapped_file_source mappedFile;
385    if (fileSize == 0) {
386        fileBuffer = nullptr;
387    }
388    else {
389        try {
390            mappedFile.open(fileName);
391        } catch (std::exception &e) {
392            std::cerr << "Error: Boost mmap of " << fileName << ": " << e.what() << std::endl;
393            exit(0);
394        }
395        fileBuffer = const_cast<char *>(mappedFile.data());
396    }
397
398    int ret = posix_memalign((void**)&chStream, 32, fileSize);
399    if (ret) {
400        std::cerr << "Cannot allocate memory for output.\n";
401        exit(-1);
402    }
403
404    fn_ptr(fileBuffer, fileSize, chStream);
405    size = fileSize;
406
407    mappedFile.close();
408
409    return chStream;   
410}
411
412void editd(editdFunctionType fn_ptr, char * inputStream, int size) {
413 
414    if (size == 0) {
415        inputStream = nullptr;
416    }
417
418    fn_ptr(inputStream, size);
419   
420}
421
422#ifdef CUDA_ENABLED
423
424#define GROUPTHREADS 64
425#define GROUPBLOCKS 64
426
427void editdGPUCodeGen(unsigned patternLen){ 
428    LLVMContext TheContext;
429    Module * M = new Module("editd-gpu", TheContext);
430    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_GPU_Builder(M);
431    M->setDataLayout("e-p:64:64:64-i1:8:8-i8:8:8-i16:16:16-i32:32:32-i64:64:64-f32:32:32-f64:64:64-v16:16:16-v32:32:32-v64:64:64-v128:128:128-n16:32:64");
432    M->setTargetTriple("nvptx64-nvidia-cuda");
433    unsigned addrSpace = 1;
434
435    Type * const mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
436    Type * const inputSizeTy = PointerType::get(iBuilder->getSizeTy(), 1);
437    Type * const int32ty = iBuilder->getInt32Ty();
438    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(M->getContext());
439    Type * const inputTy = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, 4), 1);
440    Type * const patternPtrTy = PointerType::get(iBuilder->getInt8Ty(), 1);
441    Type * const outputTy = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, editDistance+1), 1);
442    Type * const stridesTy = PointerType::get(int32ty, 1);
443
444    ExternalFileBuffer CCStream(iBuilder, StreamSetType(iBuilder, 4, 1), addrSpace);
445    ExternalFileBuffer ResultStream(iBuilder, StreamSetType(iBuilder, editDistance+1, 1), addrSpace);
446
447    kernel::editdGPUKernel editdk(iBuilder, editDistance, patternLen); 
448    editdk.generateKernel({&CCStream}, {&ResultStream});
449
450    Function * const main = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("GPU_Main", voidTy, inputTy, inputSizeTy, patternPtrTy, outputTy, stridesTy, nullptr));
451    main->setCallingConv(CallingConv::C);
452    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
453   
454    Value * const inputStream = &*(args++);
455    inputStream->setName("input");
456    Value * const inputSizePtr = &*(args++);
457    inputSizePtr->setName("inputSizePtr");
458    Value * const pattStream = &*(args++);
459    pattStream->setName("pattStream");
460    Value * const resultStream = &*(args++);
461    resultStream->setName("resultStream");
462    Value * const stridesPtr = &*(args++);
463    stridesPtr->setName("stridesPtr");
464   
465    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", main,0));
466
467    Function * tidFunc = M->getFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.tid.x");
468    Value * tid = iBuilder->CreateCall(tidFunc);
469    Value * inputThreadPtr = iBuilder->CreateGEP(inputStream, tid);
470
471    Function * bidFunc = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.ctaid.x", int32ty, nullptr));
472    Value * bid = iBuilder->CreateCall(bidFunc);
473    Value * strides = iBuilder->CreateLoad(stridesPtr);
474    Value * outputBlocks = iBuilder->CreateMul(strides, ConstantInt::get(int32ty, GROUPTHREADS));
475    Value * resultStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(resultStream, iBuilder->CreateAdd(iBuilder->CreateMul(bid, outputBlocks), tid));
476
477    Value * inputSize = iBuilder->CreateLoad(inputSizePtr);
478    CCStream.setStreamSetBuffer(inputThreadPtr, inputSize);
479    ResultStream.setEmptyBuffer(resultStreamPtr);
480
481    const unsigned numOfCarries = patternLen * (editDistance + 1) * 4;
482    Type * strideCarryTy = ArrayType::get(mBitBlockType, numOfCarries);
483    Value * strideCarry = iBuilder->CreateAlloca(strideCarryTy);
484    iBuilder->CreateStore(Constant::getNullValue(strideCarryTy), strideCarry);
485
486    Value * editdInstance = editdk.createInstance({pattStream, strideCarry});
487   
488    generatePipelineLoop(iBuilder, {&editdk}, {editdInstance}, inputSize);
489       
490    iBuilder->CreateRetVoid();
491   
492    MDNode * Node = MDNode::get(M->getContext(),
493                                {llvm::ValueAsMetadata::get(main),
494                                 MDString::get(M->getContext(), "kernel"), 
495                                 ConstantAsMetadata::get(ConstantInt::get(iBuilder->getInt32Ty(), 1))});
496    NamedMDNode *NMD = M->getOrInsertNamedMetadata("nvvm.annotations");
497    NMD->addOperand(Node);
498
499    Compile2PTX(M, IRFilename, PTXFilename);
500
501}
502
503void mergeGPUCodeGen(){
504        LLVMContext TheContext;
505    Module * M = new Module("editd-gpu", TheContext);
506    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_GPU_Builder(M);
507    M->setDataLayout("e-p:64:64:64-i1:8:8-i8:8:8-i16:16:16-i32:32:32-i64:64:64-f32:32:32-f64:64:64-v16:16:16-v32:32:32-v64:64:64-v128:128:128-n16:32:64");
508    M->setTargetTriple("nvptx64-nvidia-cuda");
509
510    Type * const mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
511    Type * const int32ty = iBuilder->getInt32Ty();
512    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(M->getContext());
513    Type * const resultTy = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, editDistance+1), 1);
514    Type * const stridesTy = PointerType::get(int32ty, 1);
515
516    Function * const main = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("mergeResult", voidTy, resultTy, stridesTy, nullptr));
517    main->setCallingConv(CallingConv::C);
518    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
519   
520    Value * const resultStream = &*(args++);
521    resultStream->setName("resultStream");
522    Value * const stridesPtr = &*(args++);
523    stridesPtr->setName("stridesPtr");
524
525    BasicBlock * entryBlock = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "entryBlock", main, 0);
526    BasicBlock * strideLoopCond = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "strideLoopCond", main, 0);
527    BasicBlock * strideLoopBody = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "strideLoopBody", main, 0);
528    BasicBlock * stridesDone = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "stridesDone", main, 0);
529   
530    iBuilder->SetInsertPoint(entryBlock);
531
532    Function * tidFunc = M->getFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.tid.x");
533    Value * tid = iBuilder->CreateCall(tidFunc);
534
535    Function * bidFunc = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.ctaid.x", int32ty, nullptr));
536    Value * bid = iBuilder->CreateCall(bidFunc);
537    Value * strides = iBuilder->CreateLoad(stridesPtr);
538    Value * strideBlocks = ConstantInt::get(int32ty, iBuilder->getStride() / iBuilder->getBitBlockWidth());
539    Value * outputBlocks = iBuilder->CreateMul(strides, strideBlocks);
540    Value * resultStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(resultStream, tid);
541
542    iBuilder->CreateBr(strideLoopCond);
543    iBuilder->SetInsertPoint(strideLoopCond);
544    PHINode * strideNo = iBuilder->CreatePHI(int32ty, 2, "strideNo");
545    strideNo->addIncoming(ConstantInt::get(int32ty, 0), entryBlock);
546    Value * notDone = iBuilder->CreateICmpULT(strideNo, strides);
547    iBuilder->CreateCondBr(notDone, strideLoopBody, stridesDone);
548 
549    iBuilder->SetInsertPoint(strideLoopBody);
550    Value * myResultStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(resultStreamPtr, {iBuilder->CreateMul(strideBlocks, strideNo)});
551    Value * myResultStream = iBuilder->CreateLoad(iBuilder->CreateGEP(myResultStreamPtr, {iBuilder->getInt32(0), bid}));
552    for (unsigned i=1; i<GROUPBLOCKS; i++){
553        Value * nextStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(myResultStreamPtr, {iBuilder->CreateMul(outputBlocks, iBuilder->getInt32(i)), bid});
554        myResultStream = iBuilder->CreateOr(myResultStream, iBuilder->CreateLoad(nextStreamPtr));
555    }   
556    iBuilder->CreateStore(myResultStream, iBuilder->CreateGEP(myResultStreamPtr, {iBuilder->getInt32(0), bid}));
557    strideNo->addIncoming(iBuilder->CreateAdd(strideNo, ConstantInt::get(int32ty, 1)), strideLoopBody);
558    iBuilder->CreateBr(strideLoopCond);
559   
560    iBuilder->SetInsertPoint(stridesDone);
561    iBuilder->CreateRetVoid();
562   
563    MDNode * Node = MDNode::get(M->getContext(),
564                                {llvm::ValueAsMetadata::get(main),
565                                 MDString::get(M->getContext(), "kernel"), 
566                                 ConstantAsMetadata::get(ConstantInt::get(iBuilder->getInt32Ty(), 1))});
567    NamedMDNode *NMD = M->getOrInsertNamedMetadata("nvvm.annotations");
568    NMD->addOperand(Node);
569
570    Compile2PTX(M, "merge.ll", "merge.ptx");
571
572}
573
574editdFunctionType editdScanCPUCodeGen() {
575                           
576    LLVMContext TheContext;
577    Module * M = new Module("editd", TheContext);
578    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_Builder(M);
579    ExecutionEngine * editdEngine = nullptr;
580
581    Type * mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
582    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
583    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(M->getContext());
584    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, editDistance+1), 0);
585
586    ExternalFileBuffer MatchResults(iBuilder, StreamSetType(iBuilder, editDistance+1, 1));
587    kernel::editdScanKernel editdScanK(iBuilder, editDistance);
588    editdScanK.generateKernel({&MatchResults}, {});               
589   
590    Function * const main = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("CPU_Main", voidTy, inputType, size_ty, nullptr));
591    main->setCallingConv(CallingConv::C);
592    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
593   
594    Value * const inputStream = &*(args++);
595    inputStream->setName("input");
596    Value * const fileSize = &*(args++);
597    fileSize->setName("fileSize");
598   
599    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", main,0));
600
601    MatchResults.setStreamSetBuffer(inputStream, fileSize);
602    Value * scanMatchInstance = editdScanK.createInstance({});
603   
604    generatePipelineLoop(iBuilder, {&editdScanK}, {scanMatchInstance}, fileSize);
605       
606    iBuilder->CreateRetVoid();
607
608    editdEngine = JIT_to_ExecutionEngine(M);
609   
610    editdEngine->finalizeObject();
611
612    return reinterpret_cast<editdFunctionType>(editdEngine->getPointerToFunction(main));
613}
614
615#endif
616
617int main(int argc, char *argv[]) {
618
619    cl::ParseCommandLineOptions(argc, argv);
620
621    int pattern_segs = 0;
622    int total_len = 0;
623
624    get_editd_pattern(pattern_segs, total_len);
625
626#ifdef CUDA_ENABLED
627    codegen::BlockSize = 64;
628#endif
629
630    preprocessFunctionType preprocess_ptr = preprocessCodeGen();
631    preprocess(preprocess_ptr);
632
633#ifdef CUDA_ENABLED 
634    setNVPTXOption();   
635    if(codegen::NVPTX){
636
637        std::ifstream t(PatternFilename);
638        if (!t.is_open()) {
639            std::cerr << "Error: cannot open " << PatternFilename << " for processing. Skipped.\n";
640            exit(-1);
641        } 
642        std::string patterns((std::istreambuf_iterator<char>(t)), std::istreambuf_iterator<char>());
643
644        editdGPUCodeGen(patterns.length()/GROUPTHREADS - 1);
645
646        mergeGPUCodeGen();
647
648        ulong * rslt = RunPTX(PTXFilename, chStream, size, patterns.c_str(), patterns.length(), editDistance);
649
650        editdFunctionType editd_ptr = editdScanCPUCodeGen();
651
652        editd(editd_ptr, (char*)rslt, size);
653       
654        run_second_filter(pattern_segs, total_len, 0.15);
655
656        return 0;
657    }
658#endif
659   
660    if(pattVector.size() == 1){
661        editdFunctionType editd_ptr = editdCodeGen(pattVector);
662        editd(editd_ptr, chStream, size);
663    }
664    else{
665        for(unsigned i=0; i<pattGroups.size(); i++){
666            editdFunctionType editd_ptr = editdCodeGen(pattGroups[i]);
667            editd(editd_ptr, chStream, size);
668        }
669        run_second_filter(pattern_segs, total_len, 0.15);
670    }
671
672    return 0;
673}
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.