source: icGREP/icgrep-devel/icgrep/editd/editd.cpp @ 5235

Last change on this file since 5235 was 5230, checked in by nmedfort, 3 years ago

Multi-threading support for PabloAST / PabloCompiler?. Requires unique LLVM Context / Module for each thread.

  • Property svn:executable set to *
File size: 24.3 KB
Line 
1/*
2 *  Copyright (c) 2015 International Characters.
3 *  This software is licensed to the public under the Open Software License 3.0.
4 *  icgrep is a trademark of International Characters.
5 */
6
7#include <string>
8#include <iostream>
9#include <iomanip>
10#include <fstream>
11#include <sstream>
12
13
14#include <toolchain.h>
15#include <pablo/pablo_toolchain.h>
16#include <llvm/IR/Function.h>
17#include <llvm/IR/Module.h>
18#include <llvm/ExecutionEngine/ExecutionEngine.h>
19#include <llvm/ExecutionEngine/MCJIT.h>
20#include "llvm/Linker/Linker.h"
21
22#include <llvm/Support/CommandLine.h>
23#include <llvm/Support/raw_ostream.h>
24
25#include <re/re_cc.h>
26#include <cc/cc_compiler.h>
27#include <pablo/pablo_compiler.h>
28#include <pablo/pablo_kernel.h>
29#include <IDISA/idisa_builder.h>
30#include <IDISA/idisa_target.h>
31#include <kernels/streamset.h>
32#include <kernels/interface.h>
33#include <kernels/kernel.h>
34#include <kernels/s2p_kernel.h>
35#include <editd/editdscan_kernel.h>
36#include <kernels/pipeline.h>
37
38#include <re/re_alt.h>
39#include <editd/pattern_compiler.h>
40
41// mmap system
42#include <boost/filesystem.hpp>
43#include <boost/iostreams/device/mapped_file.hpp>
44#include <fcntl.h>
45
46#ifdef CUDA_ENABLED
47#include <editd/EditdCudaDriver.h>
48#include <editd/editd_gpu_kernel.h>
49#endif
50
51static cl::list<std::string> inputFiles(cl::Positional, cl::desc("<regex> <input file ...>"), cl::OneOrMore);
52
53static cl::list<std::string> pattVector("e", cl::desc("pattern"), cl::ZeroOrMore);
54static cl::opt<std::string> PatternFilename("f", cl::desc("Take patterns (one per line) from a file"), cl::value_desc("regex file"), cl::init(""));
55
56static cl::opt<bool> CaseInsensitive("i", cl::desc("Ignore case distinctions in the pattern and the file."));
57
58static cl::opt<int> editDistance("edit-dist", cl::desc("Edit Distance Value"), cl::init(2));
59static cl::opt<int> optPosition("opt-pos", cl::desc("Optimize position"), cl::init(8));
60static cl::opt<int> stepSize("step-size", cl::desc("Step Size"), cl::init(3));
61static cl::opt<int> prefixLen("prefix", cl::desc("Prefix length"), cl::init(4));
62static cl::opt<bool> ShowPositions("display", cl::desc("Display the match positions."), cl::init(false));
63
64using namespace kernel;
65using namespace pablo;
66
67std::string IRFilename = "editd.ll";
68std::string PTXFilename = "editd.ptx";
69
70struct matchPosition
71{
72    size_t pos;
73    size_t dist;
74};
75
76std::vector<struct matchPosition> matchList;
77std::vector<std::vector<std::string>> pattGroups;
78
79void run_second_filter(int total_len, int pattern_segs, float errRate){
80   
81    if(matchList.size() == 0) return;
82
83    //remove the duplicates
84    bool cleared = true;
85    while(cleared){
86        cleared = false;
87        for (unsigned i=0; i<matchList.size()-1; i++){
88            if(matchList[i].pos == matchList[i+1].pos && matchList[i].dist == matchList[i+1].dist){
89                matchList.erase(matchList.begin() + i);
90                cleared = true;
91            }
92        }
93    }
94
95    //Sort match position
96    bool exchanged = true;
97    while(exchanged){
98        exchanged = false;
99        for (unsigned i=0; i<matchList.size()-1; i++){
100            if(matchList[i].pos > matchList[i+1].pos){
101                size_t tmp_pos = matchList[i].pos;
102                size_t tmp_dist = matchList[i].dist;
103                matchList[i].pos = matchList[i+1].pos;
104                matchList[i].dist = matchList[i+1].dist;
105                matchList[i+1].pos = tmp_pos;
106                matchList[i+1].dist = tmp_dist;
107                exchanged = true;
108            }
109        }
110    }
111
112    std::cout << "pattern_segs = " << pattern_segs << ", total_len = " << total_len << std::endl;
113
114    int v = pattern_segs * (editDistance+1) - total_len * errRate;
115
116    int startPos = matchList[0].pos;
117    int sum = matchList[0].dist;
118    int curIdx = 0;
119    unsigned i = 0;
120    int count = 0;
121    while (i < matchList.size()){
122        if(matchList[i].pos - startPos < total_len * (errRate+1)){
123            sum += matchList[i].dist;
124            i++;
125        }
126        else{
127            if(sum > v) count++;
128            sum -= matchList[curIdx].dist;
129            curIdx++;
130            startPos = matchList[curIdx].pos;
131        }
132    }
133
134    std::cout << "total candidate from the first filter is " << matchList.size() << std::endl;
135    std::cout << "total candidate from the second filter is " << count << std::endl;
136}
137
138extern "C" {
139void wrapped_report_pos(size_t match_pos, int dist) {
140        struct matchPosition curMatch;
141        curMatch.pos = match_pos;
142        curMatch.dist = dist;
143        matchList.push_back(curMatch);
144        if(ShowPositions)
145            std::cout << "pos: " << match_pos << ", dist:" << dist << "\n";
146    }
147
148}
149
150void icgrep_Linking(Module * m, ExecutionEngine * e) {
151    Module::FunctionListType & fns = m->getFunctionList();
152    for (Module::FunctionListType::iterator it = fns.begin(), it_end = fns.end(); it != it_end; ++it) {
153        std::string fnName = it->getName().str();
154        if (fnName == "wrapped_report_pos") {
155            e->addGlobalMapping(cast<GlobalValue>(it), (void *)&wrapped_report_pos);
156        }
157    }
158}
159
160void get_editd_pattern(int & pattern_segs, int & total_len) {
161 
162    if (PatternFilename != "") {
163        std::ifstream pattFile(PatternFilename.c_str());
164        std::string r;
165        if (pattFile.is_open()) {
166            while (std::getline(pattFile, r)) {
167                pattVector.push_back(r);
168                pattern_segs ++; 
169                total_len += r.size(); 
170            }
171            std::sort(pattVector.begin(), pattVector.end());
172            unsigned i = 0;
173            while(i < pattVector.size()){
174                std::vector<std::string> pattGroup;
175                std::string prefix = pattVector[i].substr(0, prefixLen);
176                while(i < pattVector.size() && pattVector[i].substr(0, prefixLen) == prefix){
177                    pattGroup.push_back(pattVector[i]);
178                    i++;
179                } 
180                pattGroups.push_back(pattGroup);
181            }
182            pattFile.close();
183        }
184    }
185   
186    // if there are no regexes specified through -e or -f, the first positional argument
187    // must be a regex, not an input file.
188   
189    if (pattVector.size() == 0) {
190        pattVector.push_back(inputFiles[0]);
191        inputFiles.erase(inputFiles.begin());
192    }
193}
194
195void buildPatternKernel(PabloKernel & kernel, IDISA::IDISA_Builder * iBuilder, const std::vector<std::string> & patterns) {
196    PabloBuilder entry(kernel.getEntryBlock());
197
198    Var * pat = kernel.addInput("pat", iBuilder->getStreamSetTy(4));
199
200    PabloAST * basisBits[4];
201
202    basisBits[0] = entry.createExtract(pat, 0, "A");
203    basisBits[1] = entry.createExtract(pat, 1, "C");
204    basisBits[2] = entry.createExtract(pat, 2, "T");
205    basisBits[3] = entry.createExtract(pat, 3, "G");
206
207    re::Pattern_Compiler pattern_compiler(kernel);
208    pattern_compiler.compile(patterns, entry, basisBits, editDistance, optPosition, stepSize);
209
210    pablo_function_passes(&kernel);
211}
212
213Function * editdPipeline(Module * mMod, IDISA::IDISA_Builder * iBuilder, const std::vector<std::string> & patterns) {
214   
215    ExternalFileBuffer ChStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(4));
216    SingleBlockBuffer MatchResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(editDistance + 1));
217
218    PabloKernel editdk(iBuilder, "editd");
219
220    buildPatternKernel(editdk, iBuilder, patterns);
221
222    kernel::editdScanKernel editdScanK(iBuilder, editDistance);
223   
224    std::unique_ptr<Module> editdM = editdk.createKernelModule({&ChStream}, {&MatchResults});
225    std::unique_ptr<Module> scanM = editdScanK.createKernelModule({&MatchResults}, {});               
226   
227    editdk.addKernelDeclarations(mMod);
228    editdScanK.addKernelDeclarations(mMod);
229
230    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
231    Type * const voidTy = iBuilder->getVoidTy();
232    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), 8), 1), 0);
233   
234    Function * const main = cast<Function>(mMod->getOrInsertFunction("Main", voidTy, inputType, size_ty, nullptr));
235    main->setCallingConv(CallingConv::C);
236    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
237   
238    Value * const inputStream = &*(args++);
239    inputStream->setName("input");
240    Value * const fileSize = &*(args++);
241    fileSize->setName("fileSize");
242   
243    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(mMod->getContext(), "entry", main,0));
244
245    ChStream.setStreamSetBuffer(inputStream, fileSize);
246    MatchResults.allocateBuffer();
247   
248    generatePipelineLoop(iBuilder, {&editdk, &editdScanK});
249       
250    iBuilder->CreateRetVoid();
251   
252    Linker L(*mMod);
253    L.linkInModule(std::move(editdM));
254    L.linkInModule(std::move(scanM));
255   
256    return main;
257}
258
259void buildPreprocessKernel(PabloKernel & kernel, IDISA::IDISA_Builder * iBuilder) {
260    cc::CC_Compiler ccc(&kernel);
261    PabloBuilder & pb = ccc.getBuilder();
262
263    PabloAST * A = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x41), re::makeCC(0x61)), pb);
264    PabloAST * C = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x43), re::makeCC(0x63)), pb);
265    PabloAST * T = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x54), re::makeCC(0x74)), pb);
266    PabloAST * G = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x47), re::makeCC(0x67)), pb);
267
268    Var * const pat = kernel.addOutput("pat", iBuilder->getStreamSetTy(4));
269
270    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 0), A);
271    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 1), C);
272    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 2), T);
273    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 3), G);
274
275    pablo_function_passes(&kernel);
276}
277
278Function * preprocessPipeline(Module * mMod, IDISA::IDISA_Builder * iBuilder) {
279    Type * mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
280   
281    ExternalFileBuffer ByteStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 8));
282    SingleBlockBuffer BasisBits(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(8));
283    ExternalFileBuffer CCResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(4));
284
285    S2PKernel  s2pk(iBuilder);
286    std::unique_ptr<Module> s2pM = s2pk.createKernelModule({&ByteStream}, {&BasisBits});
287
288    PabloKernel  ccck(iBuilder, "ccc");
289
290    buildPreprocessKernel(ccck, iBuilder);
291   
292    std::unique_ptr<Module> cccM = ccck.createKernelModule({&BasisBits}, {&CCResults});
293   
294    s2pk.addKernelDeclarations(mMod);
295    ccck.addKernelDeclarations(mMod);
296
297    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
298    Type * const voidTy = iBuilder->getVoidTy();
299    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, 8), 1), 0);
300    Type * const outputType = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, 4), 0);
301   
302    Function * const main = cast<Function>(mMod->getOrInsertFunction("Main", voidTy, inputType, size_ty, outputType, nullptr));
303    main->setCallingConv(CallingConv::C);
304    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
305   
306    Value * const inputStream = &*(args++);
307    inputStream->setName("input");
308    Value * const fileSize = &*(args++);
309    fileSize->setName("fileSize");
310    Value * const outputStream = &*(args++);
311    outputStream->setName("output");
312   
313    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(mMod->getContext(), "entry", main,0));
314
315    ByteStream.setStreamSetBuffer(inputStream, fileSize);
316    BasisBits.allocateBuffer();
317    CCResults.setStreamSetBuffer(outputStream, fileSize);
318   
319    generatePipelineLoop(iBuilder, {&s2pk, &ccck});
320       
321    iBuilder->CreateRetVoid();
322   
323    Linker L(*mMod);
324    L.linkInModule(std::move(s2pM));
325    L.linkInModule(std::move(cccM));
326   
327    return main;
328}
329
330
331typedef void (*preprocessFunctionType)(char * byte_data, size_t filesize, char * output_data);
332
333preprocessFunctionType preprocessCodeGen() {
334                           
335    LLVMContext TheContext;
336    Module * M = new Module("preprocess", TheContext);
337    IDISA::IDISA_Builder * idb = IDISA::GetIDISA_Builder(M);
338
339    llvm::Function * main_IR = preprocessPipeline(M, idb);
340
341    ExecutionEngine * preprocessEngine = JIT_to_ExecutionEngine(M);
342   
343    preprocessEngine->finalizeObject();
344
345    delete idb;
346    return reinterpret_cast<preprocessFunctionType>(preprocessEngine->getPointerToFunction(main_IR));
347}
348
349typedef void (*editdFunctionType)(char * byte_data, size_t filesize);
350
351editdFunctionType editdCodeGen(const std::vector<std::string> & patterns) {
352                           
353    LLVMContext TheContext;
354    Module * M = new Module("editd", TheContext);
355    IDISA::IDISA_Builder * idb = IDISA::GetIDISA_Builder(M);
356
357    llvm::Function * main_IR = editdPipeline(M, idb, patterns);
358
359    ExecutionEngine * editdEngine = JIT_to_ExecutionEngine(M);
360   
361    editdEngine->finalizeObject();
362
363    delete idb;
364    return reinterpret_cast<editdFunctionType>(editdEngine->getPointerToFunction(main_IR));
365}
366
367char * chStream;
368int size;
369
370char * preprocess(preprocessFunctionType fn_ptr) {
371    std::string fileName = inputFiles[0];
372    size_t fileSize;
373    char * fileBuffer;
374   
375    const boost::filesystem::path file(fileName);
376    if (exists(file)) {
377        if (is_directory(file)) {
378            exit(0);
379        }
380    } else {
381        std::cerr << "Error: cannot open " << fileName << " for processing. Skipped.\n";
382        exit(0);
383    }
384   
385    fileSize = file_size(file);
386    boost::iostreams::mapped_file_source mappedFile;
387    if (fileSize == 0) {
388        fileBuffer = nullptr;
389    }
390    else {
391        try {
392            mappedFile.open(fileName);
393        } catch (std::exception &e) {
394            std::cerr << "Error: Boost mmap of " << fileName << ": " << e.what() << std::endl;
395            exit(0);
396        }
397        fileBuffer = const_cast<char *>(mappedFile.data());
398    }
399
400    int ret = posix_memalign((void**)&chStream, 32, fileSize);
401    if (ret) {
402        std::cerr << "Cannot allocate memory for output.\n";
403        exit(-1);
404    }
405
406    fn_ptr(fileBuffer, fileSize, chStream);
407    size = fileSize;
408
409    mappedFile.close();
410
411    return chStream;   
412}
413
414void editd(editdFunctionType fn_ptr, char * inputStream, int size) {
415 
416    if (size == 0) {
417        inputStream = nullptr;
418    }
419
420    fn_ptr(inputStream, size);
421   
422}
423
424#ifdef CUDA_ENABLED
425
426#define GROUPTHREADS 64
427#define GROUPBLOCKS 64
428
429void editdGPUCodeGen(unsigned patternLen){ 
430    LLVMContext TheContext;
431    Module * M = new Module("editd-gpu", TheContext);
432    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_GPU_Builder(M);
433    M->setDataLayout("e-p:64:64:64-i1:8:8-i8:8:8-i16:16:16-i32:32:32-i64:64:64-f32:32:32-f64:64:64-v16:16:16-v32:32:32-v64:64:64-v128:128:128-n16:32:64");
434    M->setTargetTriple("nvptx64-nvidia-cuda");
435    unsigned addrSpace = 1;
436
437    Type * const mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
438    Type * const inputSizeTy = PointerType::get(iBuilder->getSizeTy(), 1);
439    Type * const int32ty = iBuilder->getInt32Ty();
440    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(M->getContext());
441    Type * const inputTy = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, 4), 1);
442    Type * const patternPtrTy = PointerType::get(iBuilder->getInt8Ty(), 1);
443    Type * const outputTy = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, editDistance+1), 1);
444    Type * const stridesTy = PointerType::get(int32ty, 1);
445
446    ExternalFileBuffer CCStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy( 4, 1), addrSpace);
447    ExternalFileBuffer ResultStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy( editDistance+1, 1), addrSpace);
448
449    kernel::editdGPUKernel editdk(iBuilder, editDistance, patternLen); 
450    editdk.generateKernel({&CCStream}, {&ResultStream});
451
452    Function * const main = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("GPU_Main", voidTy, inputTy, inputSizeTy, patternPtrTy, outputTy, stridesTy, nullptr));
453    main->setCallingConv(CallingConv::C);
454    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
455   
456    Value * const inputStream = &*(args++);
457    inputStream->setName("input");
458    Value * const inputSizePtr = &*(args++);
459    inputSizePtr->setName("inputSizePtr");
460    Value * const pattStream = &*(args++);
461    pattStream->setName("pattStream");
462    Value * const resultStream = &*(args++);
463    resultStream->setName("resultStream");
464    Value * const stridesPtr = &*(args++);
465    stridesPtr->setName("stridesPtr");
466   
467    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", main,0));
468
469    Function * tidFunc = M->getFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.tid.x");
470    Value * tid = iBuilder->CreateCall(tidFunc);
471    Value * inputThreadPtr = iBuilder->CreateGEP(inputStream, tid);
472
473    Function * bidFunc = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.ctaid.x", int32ty, nullptr));
474    Value * bid = iBuilder->CreateCall(bidFunc);
475    Value * strides = iBuilder->CreateLoad(stridesPtr);
476    Value * outputBlocks = iBuilder->CreateMul(strides, ConstantInt::get(int32ty, GROUPTHREADS));
477    Value * resultStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(resultStream, iBuilder->CreateAdd(iBuilder->CreateMul(bid, outputBlocks), tid));
478
479    Value * inputSize = iBuilder->CreateLoad(inputSizePtr);
480    CCStream.setStreamSetBuffer(inputThreadPtr, inputSize);
481    ResultStream.setEmptyBuffer(resultStreamPtr);
482
483    const unsigned numOfCarries = patternLen * (editDistance + 1) * 4;
484    Type * strideCarryTy = ArrayType::get(mBitBlockType, numOfCarries);
485    Value * strideCarry = iBuilder->CreateAlloca(strideCarryTy);
486    iBuilder->CreateStore(Constant::getNullValue(strideCarryTy), strideCarry);
487
488    editdk.setInitialArguments({pattStream, strideCarry});
489   
490    generatePipelineLoop(iBuilder, {&editdk});
491       
492    iBuilder->CreateRetVoid();
493   
494    MDNode * Node = MDNode::get(M->getContext(),
495                                {llvm::ValueAsMetadata::get(main),
496                                 MDString::get(M->getContext(), "kernel"), 
497                                 ConstantAsMetadata::get(ConstantInt::get(iBuilder->getInt32Ty(), 1))});
498    NamedMDNode *NMD = M->getOrInsertNamedMetadata("nvvm.annotations");
499    NMD->addOperand(Node);
500
501    Compile2PTX(M, IRFilename, PTXFilename);
502
503}
504
505void mergeGPUCodeGen(){
506        LLVMContext TheContext;
507    Module * M = new Module("editd-gpu", TheContext);
508    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_GPU_Builder(M);
509    M->setDataLayout("e-p:64:64:64-i1:8:8-i8:8:8-i16:16:16-i32:32:32-i64:64:64-f32:32:32-f64:64:64-v16:16:16-v32:32:32-v64:64:64-v128:128:128-n16:32:64");
510    M->setTargetTriple("nvptx64-nvidia-cuda");
511
512    Type * const mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
513    Type * const int32ty = iBuilder->getInt32Ty();
514    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(M->getContext());
515    Type * const resultTy = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, editDistance+1), 1);
516    Type * const stridesTy = PointerType::get(int32ty, 1);
517
518    Function * const main = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("mergeResult", voidTy, resultTy, stridesTy, nullptr));
519    main->setCallingConv(CallingConv::C);
520    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
521   
522    Value * const resultStream = &*(args++);
523    resultStream->setName("resultStream");
524    Value * const stridesPtr = &*(args++);
525    stridesPtr->setName("stridesPtr");
526
527    BasicBlock * entryBlock = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "entryBlock", main, 0);
528    BasicBlock * strideLoopCond = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "strideLoopCond", main, 0);
529    BasicBlock * strideLoopBody = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "strideLoopBody", main, 0);
530    BasicBlock * stridesDone = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "stridesDone", main, 0);
531   
532    iBuilder->SetInsertPoint(entryBlock);
533
534    Function * tidFunc = M->getFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.tid.x");
535    Value * tid = iBuilder->CreateCall(tidFunc);
536
537    Function * bidFunc = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.ctaid.x", int32ty, nullptr));
538    Value * bid = iBuilder->CreateCall(bidFunc);
539    Value * strides = iBuilder->CreateLoad(stridesPtr);
540    Value * strideBlocks = ConstantInt::get(int32ty, iBuilder->getStride() / iBuilder->getBitBlockWidth());
541    Value * outputBlocks = iBuilder->CreateMul(strides, strideBlocks);
542    Value * resultStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(resultStream, tid);
543
544    iBuilder->CreateBr(strideLoopCond);
545    iBuilder->SetInsertPoint(strideLoopCond);
546    PHINode * strideNo = iBuilder->CreatePHI(int32ty, 2, "strideNo");
547    strideNo->addIncoming(ConstantInt::get(int32ty, 0), entryBlock);
548    Value * notDone = iBuilder->CreateICmpULT(strideNo, strides);
549    iBuilder->CreateCondBr(notDone, strideLoopBody, stridesDone);
550 
551    iBuilder->SetInsertPoint(strideLoopBody);
552    Value * myResultStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(resultStreamPtr, {iBuilder->CreateMul(strideBlocks, strideNo)});
553    Value * myResultStream = iBuilder->CreateLoad(iBuilder->CreateGEP(myResultStreamPtr, {iBuilder->getInt32(0), bid}));
554    for (unsigned i=1; i<GROUPBLOCKS; i++){
555        Value * nextStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(myResultStreamPtr, {iBuilder->CreateMul(outputBlocks, iBuilder->getInt32(i)), bid});
556        myResultStream = iBuilder->CreateOr(myResultStream, iBuilder->CreateLoad(nextStreamPtr));
557    }   
558    iBuilder->CreateStore(myResultStream, iBuilder->CreateGEP(myResultStreamPtr, {iBuilder->getInt32(0), bid}));
559    strideNo->addIncoming(iBuilder->CreateAdd(strideNo, ConstantInt::get(int32ty, 1)), strideLoopBody);
560    iBuilder->CreateBr(strideLoopCond);
561   
562    iBuilder->SetInsertPoint(stridesDone);
563    iBuilder->CreateRetVoid();
564   
565    MDNode * Node = MDNode::get(M->getContext(),
566                                {llvm::ValueAsMetadata::get(main),
567                                 MDString::get(M->getContext(), "kernel"), 
568                                 ConstantAsMetadata::get(ConstantInt::get(iBuilder->getInt32Ty(), 1))});
569    NamedMDNode *NMD = M->getOrInsertNamedMetadata("nvvm.annotations");
570    NMD->addOperand(Node);
571
572    Compile2PTX(M, "merge.ll", "merge.ptx");
573
574}
575
576editdFunctionType editdScanCPUCodeGen() {
577                           
578    LLVMContext TheContext;
579    Module * M = new Module("editd", TheContext);
580    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_Builder(M);
581    ExecutionEngine * editdEngine = nullptr;
582
583    Type * mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
584    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
585    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(M->getContext());
586    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, editDistance+1), 0);
587
588    ExternalFileBuffer MatchResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy( editDistance+1, 1));
589    kernel::editdScanKernel editdScanK(iBuilder, editDistance);
590    editdScanK.generateKernel({&MatchResults}, {});               
591   
592    Function * const main = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("CPU_Main", voidTy, inputType, size_ty, nullptr));
593    main->setCallingConv(CallingConv::C);
594    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
595   
596    Value * const inputStream = &*(args++);
597    inputStream->setName("input");
598    Value * const fileSize = &*(args++);
599    fileSize->setName("fileSize");
600   
601    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", main,0));
602
603    MatchResults.setStreamSetBuffer(inputStream, fileSize);
604   
605    generatePipelineLoop(iBuilder, {&editdScanK});
606       
607    iBuilder->CreateRetVoid();
608
609    editdEngine = JIT_to_ExecutionEngine(M);
610   
611    editdEngine->finalizeObject();
612
613    return reinterpret_cast<editdFunctionType>(editdEngine->getPointerToFunction(main));
614}
615
616#endif
617
618int main(int argc, char *argv[]) {
619
620    cl::ParseCommandLineOptions(argc, argv);
621
622    int pattern_segs = 0;
623    int total_len = 0;
624
625    get_editd_pattern(pattern_segs, total_len);
626
627#ifdef CUDA_ENABLED
628    codegen::BlockSize = 64;
629#endif
630
631    preprocessFunctionType preprocess_ptr = preprocessCodeGen();
632    preprocess(preprocess_ptr);
633
634#ifdef CUDA_ENABLED 
635    setNVPTXOption();   
636    if(codegen::NVPTX){
637
638        std::ifstream t(PatternFilename);
639        if (!t.is_open()) {
640            std::cerr << "Error: cannot open " << PatternFilename << " for processing. Skipped.\n";
641            exit(-1);
642        } 
643        std::string patterns((std::istreambuf_iterator<char>(t)), std::istreambuf_iterator<char>());
644
645        editdGPUCodeGen(patterns.length()/GROUPTHREADS - 1);
646
647        mergeGPUCodeGen();
648
649        ulong * rslt = RunPTX(PTXFilename, chStream, size, patterns.c_str(), patterns.length(), editDistance);
650
651        editdFunctionType editd_ptr = editdScanCPUCodeGen();
652
653        editd(editd_ptr, (char*)rslt, size);
654       
655        run_second_filter(pattern_segs, total_len, 0.15);
656
657        return 0;
658    }
659#endif
660   
661    if(pattVector.size() == 1){
662        editdFunctionType editd_ptr = editdCodeGen(pattVector);
663        editd(editd_ptr, chStream, size);
664    }
665    else{
666        for(unsigned i=0; i<pattGroups.size(); i++){
667            editdFunctionType editd_ptr = editdCodeGen(pattGroups[i]);
668            editd(editd_ptr, chStream, size);
669        }
670        run_second_filter(pattern_segs, total_len, 0.15);
671    }
672
673    return 0;
674}
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.