source: icGREP/icgrep-devel/icgrep/editd/editd.cpp @ 5429

Last change on this file since 5429 was 5429, checked in by nmedfort, 2 years ago

Refactored source kernels. icgrep from stdin should now be able to handle any file size.

  • Property svn:executable set to *
File size: 24.2 KB
Line 
1/*
2 *  Copyright (c) 2015 International Characters.
3 *  This software is licensed to the public under the Open Software License 3.0.
4 *  icgrep is a trademark of International Characters.
5 */
6
7#include <string>
8#include <iostream>
9#include <fstream>
10#include <toolchain/toolchain.h>
11#include <pablo/pablo_toolchain.h>
12#include <llvm/IR/Function.h>
13#include <llvm/IR/Module.h>
14#include <llvm/Support/CommandLine.h>
15#include <cc/cc_compiler.h>
16#include <pablo/pablo_compiler.h>
17#include <pablo/pablo_kernel.h>
18#include <IR_Gen/idisa_builder.h>
19#include <IR_Gen/idisa_target.h>
20#include <kernels/streamset.h>
21#include <kernels/source_kernel.h>
22#include <kernels/s2p_kernel.h>
23#include <editd/editdscan_kernel.h>
24#include <editd/pattern_compiler.h>
25#include <sys/stat.h>
26#include <fcntl.h>
27#include <mutex>
28#ifdef CUDA_ENABLED
29#include <editd/EditdCudaDriver.h>
30#include <editd/editd_gpu_kernel.h>
31#endif
32
33using namespace llvm;
34
35static cl::list<std::string> inputFiles(cl::Positional, cl::desc("<regex> <input file ...>"), cl::OneOrMore);
36
37static cl::list<std::string> pattVector("e", cl::desc("pattern"), cl::ZeroOrMore);
38static cl::opt<std::string> PatternFilename("f", cl::desc("Take patterns (one per line) from a file"), cl::value_desc("regex file"), cl::init(""));
39
40static cl::opt<bool> CaseInsensitive("i", cl::desc("Ignore case distinctions in the pattern and the file."));
41
42static cl::opt<int> editDistance("edit-dist", cl::desc("Edit Distance Value"), cl::init(2));
43static cl::opt<int> optPosition("opt-pos", cl::desc("Optimize position"), cl::init(8));
44static cl::opt<int> stepSize("step-size", cl::desc("Step Size"), cl::init(3));
45static cl::opt<int> prefixLen("prefix", cl::desc("Prefix length"), cl::init(4));
46static cl::opt<bool> ShowPositions("display", cl::desc("Display the match positions."), cl::init(false));
47
48static cl::opt<int> Threads("threads", cl::desc("Total number of threads."), cl::init(1));
49
50using namespace kernel;
51using namespace pablo;
52using namespace parabix;
53
54const static std::string IRFilename = "editd.ll";
55const static std::string PTXFilename = "editd.ptx";
56
57struct matchPosition
58{
59    size_t pos;
60    size_t dist;
61};
62
63std::vector<struct matchPosition> matchList;
64std::vector<std::vector<std::string>> pattGroups;
65
66void run_second_filter(int total_len, int pattern_segs, float errRate){
67
68    if(matchList.empty()) return;
69
70    //remove the duplicates
71    bool cleared = true;
72    while(cleared){
73        cleared = false;
74        for (unsigned i=0; i<matchList.size()-1; i++){
75            if(matchList[i].pos == matchList[i+1].pos && matchList[i].dist == matchList[i+1].dist){
76                matchList.erase(matchList.begin() + i);
77                cleared = true;
78            }
79        }
80    }
81
82    //Sort match position
83    bool exchanged = true;
84    while(exchanged){
85        exchanged = false;
86        for (unsigned i=0; i<matchList.size()-1; i++){
87            if(matchList[i].pos > matchList[i+1].pos){
88                size_t tmp_pos = matchList[i].pos;
89                size_t tmp_dist = matchList[i].dist;
90                matchList[i].pos = matchList[i+1].pos;
91                matchList[i].dist = matchList[i+1].dist;
92                matchList[i+1].pos = tmp_pos;
93                matchList[i+1].dist = tmp_dist;
94                exchanged = true;
95            }
96        }
97    }
98
99    std::cout << "pattern_segs = " << pattern_segs << ", total_len = " << total_len << std::endl;
100
101    int v = pattern_segs * (editDistance+1) - total_len * errRate;
102
103    int startPos = matchList[0].pos;
104    int sum = matchList[0].dist;
105    int curIdx = 0;
106    unsigned i = 0;
107    int count = 0;
108    while (i < matchList.size()){
109        if(matchList[i].pos - startPos < total_len * (errRate+1)){
110            sum += matchList[i].dist;
111            i++;
112        }
113        else{
114            if(sum > v) count++;
115            sum -= matchList[curIdx].dist;
116            curIdx++;
117            startPos = matchList[curIdx].pos;
118        }
119    }
120
121    std::cout << "total candidate from the first filter is " << matchList.size() << std::endl;
122    std::cout << "total candidate from the second filter is " << count << std::endl;
123}
124
125void get_editd_pattern(int & pattern_segs, int & total_len) {
126
127    if (PatternFilename != "") {
128        std::ifstream pattFile(PatternFilename.c_str());
129        std::string r;
130        if (pattFile.is_open()) {
131            while (std::getline(pattFile, r)) {
132                pattVector.push_back(r);
133                pattern_segs ++;
134                total_len += r.size();
135            }
136            std::sort(pattVector.begin(), pattVector.end());
137            unsigned i = 0;
138            while(i < pattVector.size()){
139                std::vector<std::string> pattGroup;
140                std::string prefix = pattVector[i].substr(0, prefixLen);
141                while(i < pattVector.size() && pattVector[i].substr(0, prefixLen) == prefix){
142                    pattGroup.push_back(pattVector[i]);
143                    i++;
144                }
145                pattGroups.push_back(pattGroup);
146            }
147            pattFile.close();
148        }
149    }
150
151    // if there are no regexes specified through -e or -f, the first positional argument
152    // must be a regex, not an input file.
153
154    if (pattVector.size() == 0) {
155        pattVector.push_back(inputFiles[0]);
156        inputFiles.erase(inputFiles.begin());
157    }
158}
159
160void buildPatternKernel(PabloKernel * const kernel, const std::vector<std::string> & patterns) {
161    PabloBuilder entry(kernel->getEntryBlock());
162
163    Var * pat = kernel->getInputStreamVar("pat");
164
165    PabloAST * basisBits[4];
166
167    basisBits[0] = entry.createExtract(pat, 0, "A");
168    basisBits[1] = entry.createExtract(pat, 1, "C");
169    basisBits[2] = entry.createExtract(pat, 2, "T");
170    basisBits[3] = entry.createExtract(pat, 3, "G");
171
172    re::Pattern_Compiler pattern_compiler(*kernel);
173    pattern_compiler.compile(patterns, entry, basisBits, editDistance, optPosition, stepSize);
174
175    pablo_function_passes(kernel);
176}
177
178std::mutex store_mutex;
179void wrapped_report_pos(size_t match_pos, int dist) {
180    struct matchPosition curMatch;
181    curMatch.pos = match_pos;
182    curMatch.dist = dist;
183
184    store_mutex.lock();
185    matchList.push_back(curMatch);
186    if(ShowPositions)
187        std::cout << "pos: " << match_pos << ", dist:" << dist << "\n";
188    store_mutex.unlock();
189}
190
191void editdPipeline(ParabixDriver & pxDriver, const std::vector<std::string> & patterns) {
192
193    IDISA::IDISA_Builder * const idb = pxDriver.getIDISA_Builder();
194    Module * const m = idb->getModule();
195    Type * const sizeTy = idb->getSizeTy();
196    Type * const voidTy = idb->getVoidTy();
197    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(idb->getBitBlockType(), 8), 1), 0);
198
199    idb->LinkFunction("wrapped_report_pos", &wrapped_report_pos);
200
201    Function * const main = cast<Function>(m->getOrInsertFunction("Main", voidTy, inputType, sizeTy, nullptr));
202    main->setCallingConv(CallingConv::C);
203    auto args = main->arg_begin();
204    Value * const inputStream = &*(args++);
205    inputStream->setName("input");
206    Value * const fileSize = &*(args++);
207    fileSize->setName("fileSize");
208    idb->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(m->getContext(), "entry", main,0));
209
210    auto ChStream = pxDriver.addBuffer(make_unique<SourceBuffer>(idb, idb->getStreamSetTy(4)));
211
212    auto mmapK = pxDriver.addKernelInstance(make_unique<MemorySourceKernel>(idb, inputType));
213    mmapK->setInitialArguments({inputStream, fileSize});
214
215    pxDriver.makeKernelCall(mmapK, {}, {ChStream});
216
217    auto MatchResults = pxDriver.addBuffer(make_unique<SingleBlockBuffer>(idb, idb->getStreamSetTy(editDistance + 1)));
218
219    auto editdk = pxDriver.addKernelInstance(make_unique<PabloKernel>(
220        idb, "editd", std::vector<Binding>{{idb->getStreamSetTy(4), "pat"}}, std::vector<Binding>{{idb->getStreamSetTy(editDistance + 1), "E"}}
221        ));
222
223    buildPatternKernel(reinterpret_cast<PabloKernel *>(editdk), patterns);
224    pxDriver.makeKernelCall(editdk, {ChStream}, {MatchResults});
225
226    auto editdScanK = pxDriver.addKernelInstance(make_unique<editdScanKernel>(idb, editDistance));
227    pxDriver.makeKernelCall(editdScanK, {MatchResults}, {});
228
229    pxDriver.generatePipelineIR();
230
231    idb->CreateRetVoid();
232
233    pxDriver.linkAndFinalize();
234}
235
236void buildPreprocessKernel(PabloKernel * const kernel) {
237    cc::CC_Compiler ccc(kernel, kernel->getInputStreamVar("basis"));
238
239    PabloBuilder & pb = ccc.getBuilder();
240
241    PabloAST * A = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x41), re::makeCC(0x61)), pb);
242    PabloAST * C = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x43), re::makeCC(0x63)), pb);
243    PabloAST * T = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x54), re::makeCC(0x74)), pb);
244    PabloAST * G = ccc.compileCC(re::makeCC(re::makeCC(0x47), re::makeCC(0x67)), pb);
245
246    Var * const pat = kernel->getOutputStreamVar("pat");
247
248    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 0), A);
249    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 1), C);
250    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 2), T);
251    pb.createAssign(pb.createExtract(pat, 3), G);
252
253    pablo_function_passes(kernel);
254}
255
256void preprocessPipeline(ParabixDriver & pxDriver) {
257
258    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = pxDriver.getIDISA_Builder();
259    Module * m = iBuilder->getModule();
260    Type * mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
261
262
263    Type * const voidTy = iBuilder->getVoidTy();
264    Type * const int32Ty = iBuilder->getInt32Ty();
265    Type * const outputType = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, 4), 0);
266
267    Function * const main = cast<Function>(m->getOrInsertFunction("Main", voidTy, int32Ty, outputType, nullptr));
268    main->setCallingConv(CallingConv::C);
269    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
270
271    Value * const fileDescriptor = &*(args++);
272    fileDescriptor->setName("fileDescriptor");
273    Value * const outputStream = &*(args++);
274    outputStream->setName("output");
275
276    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(m->getContext(), "entry", main));
277
278    auto ByteStream = pxDriver.addBuffer(make_unique<SourceBuffer>(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 8)));
279
280    auto mmapK = pxDriver.addKernelInstance(make_unique<MMapSourceKernel>(iBuilder, 1));
281    mmapK->setInitialArguments({fileDescriptor});
282    pxDriver.makeKernelCall(mmapK, {}, {ByteStream});
283
284    auto BasisBits = pxDriver.addBuffer(make_unique<SingleBlockBuffer>(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(8)));
285    auto s2pk = pxDriver.addKernelInstance(make_unique<S2PKernel>(iBuilder));
286    pxDriver.makeKernelCall(s2pk, {ByteStream}, {BasisBits});
287
288    auto CCResults = pxDriver.addExternalBuffer(make_unique<ExternalBuffer>(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(4), outputStream));
289
290    auto ccck = pxDriver.addKernelInstance(make_unique<PabloKernel>(
291        iBuilder, "ccc", std::vector<Binding>{{iBuilder->getStreamSetTy(8), "basis"}}, std::vector<Binding>{{iBuilder->getStreamSetTy(4), "pat"}}
292    ));
293
294    buildPreprocessKernel(reinterpret_cast<PabloKernel *>(ccck));
295
296    pxDriver.makeKernelCall(ccck, {BasisBits}, {CCResults});
297
298    pxDriver.generatePipelineIR();
299
300    iBuilder->CreateRetVoid();
301
302    pxDriver.linkAndFinalize();
303}
304
305
306typedef void (*preprocessFunctionType)(const int fd, char * output_data);
307
308preprocessFunctionType preprocessCodeGen() {
309    ParabixDriver pxDriver("preprocess");
310    preprocessPipeline(pxDriver);
311    return reinterpret_cast<preprocessFunctionType>(pxDriver.getPointerToMain());
312}
313
314typedef void (*editdFunctionType)(char * byte_data, size_t filesize);
315
316editdFunctionType editdCodeGen(const std::vector<std::string> & patterns) {
317    ParabixDriver pxDriver("editd");
318    editdPipeline(pxDriver, patterns);
319    return reinterpret_cast<editdFunctionType>(pxDriver.getPointerToMain());
320}
321
322static char * chStream;
323static size_t size;
324
325size_t file_size(const int fd) {
326    struct stat st;
327    if (LLVM_UNLIKELY(fstat(fd, &st) != 0)) {
328        st.st_size = 0;
329    }
330    return st.st_size;
331}
332
333char * preprocess(preprocessFunctionType fn_ptr) {
334    std::string fileName = inputFiles[0];
335    const int fd = open(inputFiles[0].c_str(), O_RDONLY);
336    if (LLVM_UNLIKELY(fd == -1)) {
337        std::cerr << "Error: cannot open " << fileName << " for processing. Skipped.\n";
338        exit(-1);
339    }
340    size = file_size(fd);
341    int ret = posix_memalign((void**)&chStream, 32, size);
342    if (ret) {
343        std::cerr << "Cannot allocate memory for output.\n";
344        exit(-2);
345    }
346    fn_ptr(fd, chStream);
347    close(fd);
348    return chStream;
349}
350
351void editd(editdFunctionType fn_ptr, char * inputStream, size_t size) {
352    fn_ptr(inputStream, size);
353}
354
355std::mutex count_mutex;
356size_t groupCount;
357void * DoEditd(void *)
358{
359    size_t groupIdx;
360    count_mutex.lock();
361    groupIdx = groupCount;
362    groupCount++;
363    count_mutex.unlock();
364
365    while (groupIdx < pattGroups.size()){
366        editdFunctionType editd_ptr = editdCodeGen(pattGroups[groupIdx]);
367        editd(editd_ptr, chStream, size);
368
369        count_mutex.lock();
370        groupIdx = groupCount;
371        groupCount++;
372        count_mutex.unlock();
373    }
374
375    pthread_exit(NULL);
376}
377
378#ifdef CUDA_ENABLED
379
380#define GROUPTHREADS 64
381#define GROUPBLOCKS 64
382
383void editdGPUCodeGen(unsigned patternLen){
384    LLVMContext TheContext;
385    Module * M = new Module("editd-gpu", TheContext);
386    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_GPU_Builder(M);
387    M->setDataLayout("e-p:64:64:64-i1:8:8-i8:8:8-i16:16:16-i32:32:32-i64:64:64-f32:32:32-f64:64:64-v16:16:16-v32:32:32-v64:64:64-v128:128:128-n16:32:64");
388    M->setTargetTriple("nvptx64-nvidia-cuda");
389    unsigned addrSpace = 1;
390
391    Type * const mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
392    Type * const inputSizeTy = PointerType::get(iBuilder->getSizeTy(), 1);
393    Type * const int32ty = iBuilder->getInt32Ty();
394    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(M->getContext());
395    Type * const inputTy = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, 4), 1);
396    Type * const patternPtrTy = PointerType::get(iBuilder->getInt8Ty(), 1);
397    Type * const outputTy = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, editDistance+1), 1);
398    Type * const stridesTy = PointerType::get(int32ty, 1);
399
400    ExternalFileBuffer CCStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(4), addrSpace);
401    ExternalFileBuffer ResultStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy( editDistance+1, 1), addrSpace);
402
403    MMapSourceKernel mmapK(iBuilder);
404    mmapK.generateKernel({}, {&CCStream});
405
406    kernel::editdGPUKernel editdk(iBuilder, editDistance, patternLen);
407    editdk.generateKernel({&CCStream}, {&ResultStream});
408
409    Function * const main = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("GPU_Main", voidTy, inputTy, inputSizeTy, patternPtrTy, outputTy, stridesTy, nullptr));
410    main->setCallingConv(CallingConv::C);
411    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
412
413    Value * const inputStream = &*(args++);
414    inputStream->setName("input");
415    Value * const inputSizePtr = &*(args++);
416    inputSizePtr->setName("inputSizePtr");
417    Value * const pattStream = &*(args++);
418    pattStream->setName("pattStream");
419    Value * const resultStream = &*(args++);
420    resultStream->setName("resultStream");
421    Value * const stridesPtr = &*(args++);
422    stridesPtr->setName("stridesPtr");
423
424    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", main,0));
425
426    Function * tidFunc = M->getFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.tid.x");
427    Value * tid = iBuilder->CreateCall(tidFunc);
428    Value * inputThreadPtr = iBuilder->CreateGEP(inputStream, tid);
429
430    Function * bidFunc = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.ctaid.x", int32ty, nullptr));
431    Value * bid = iBuilder->CreateCall(bidFunc);
432    Value * strides = iBuilder->CreateLoad(stridesPtr);
433    Value * outputBlocks = iBuilder->CreateMul(strides, ConstantInt::get(int32ty, GROUPTHREADS));
434    Value * resultStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(resultStream, iBuilder->CreateAdd(iBuilder->CreateMul(bid, outputBlocks), tid));
435
436    Value * inputSize = iBuilder->CreateLoad(inputSizePtr);
437    CCStream.setStreamSetBuffer(inputThreadPtr);
438    ResultStream.setStreamSetBuffer(resultStreamPtr);
439    mmapK.setInitialArguments({inputSize});
440
441    const unsigned numOfCarries = patternLen * (editDistance + 1) * 4;
442    Type * strideCarryTy = ArrayType::get(mBitBlockType, numOfCarries);
443    Value * strideCarry = iBuilder->CreateAlloca(strideCarryTy);
444    iBuilder->CreateStore(Constant::getNullValue(strideCarryTy), strideCarry);
445
446    editdk.setInitialArguments({pattStream, strideCarry});
447
448    generatePipelineLoop(iBuilder, {&mmapK, &editdk});
449
450    iBuilder->CreateRetVoid();
451
452    MDNode * Node = MDNode::get(M->getContext(),
453                                {llvm::ValueAsMetadata::get(main),
454                                 MDString::get(M->getContext(), "kernel"),
455                                 ConstantAsMetadata::get(ConstantInt::get(iBuilder->getInt32Ty(), 1))});
456    NamedMDNode *NMD = M->getOrInsertNamedMetadata("nvvm.annotations");
457    NMD->addOperand(Node);
458
459    Compile2PTX(M, IRFilename, PTXFilename);
460
461}
462
463void mergeGPUCodeGen(){
464        LLVMContext TheContext;
465    Module * M = new Module("editd-gpu", TheContext);
466    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_GPU_Builder(M);
467    M->setDataLayout("e-p:64:64:64-i1:8:8-i8:8:8-i16:16:16-i32:32:32-i64:64:64-f32:32:32-f64:64:64-v16:16:16-v32:32:32-v64:64:64-v128:128:128-n16:32:64");
468    M->setTargetTriple("nvptx64-nvidia-cuda");
469
470    Type * const mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
471    Type * const int32ty = iBuilder->getInt32Ty();
472    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(M->getContext());
473    Type * const resultTy = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, editDistance+1), 1);
474    Type * const stridesTy = PointerType::get(int32ty, 1);
475
476    Function * const main = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("mergeResult", voidTy, resultTy, stridesTy, nullptr));
477    main->setCallingConv(CallingConv::C);
478    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
479
480    Value * const resultStream = &*(args++);
481    resultStream->setName("resultStream");
482    Value * const stridesPtr = &*(args++);
483    stridesPtr->setName("stridesPtr");
484
485    BasicBlock * entryBlock = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "entryBlock", main, 0);
486    BasicBlock * strideLoopCond = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "strideLoopCond", main, 0);
487    BasicBlock * strideLoopBody = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "strideLoopBody", main, 0);
488    BasicBlock * stridesDone = BasicBlock::Create(iBuilder->getContext(), "stridesDone", main, 0);
489
490    iBuilder->SetInsertPoint(entryBlock);
491
492    Function * tidFunc = M->getFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.tid.x");
493    Value * tid = iBuilder->CreateCall(tidFunc);
494
495    Function * bidFunc = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.ctaid.x", int32ty, nullptr));
496    Value * bid = iBuilder->CreateCall(bidFunc);
497    Value * strides = iBuilder->CreateLoad(stridesPtr);
498    Value * strideBlocks = ConstantInt::get(int32ty, iBuilder->getStride() / iBuilder->getBitBlockWidth());
499    Value * outputBlocks = iBuilder->CreateMul(strides, strideBlocks);
500    Value * resultStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(resultStream, tid);
501
502    iBuilder->CreateBr(strideLoopCond);
503    iBuilder->SetInsertPoint(strideLoopCond);
504    PHINode * strideNo = iBuilder->CreatePHI(int32ty, 2, "strideNo");
505    strideNo->addIncoming(ConstantInt::get(int32ty, 0), entryBlock);
506    Value * notDone = iBuilder->CreateICmpULT(strideNo, strides);
507    iBuilder->CreateCondBr(notDone, strideLoopBody, stridesDone);
508
509    iBuilder->SetInsertPoint(strideLoopBody);
510    Value * myResultStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(resultStreamPtr, {iBuilder->CreateMul(strideBlocks, strideNo)});
511    Value * myResultStream = iBuilder->CreateLoad(iBuilder->CreateGEP(myResultStreamPtr, {iBuilder->getInt32(0), bid}));
512    for (unsigned i=1; i<GROUPBLOCKS; i++){
513        Value * nextStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(myResultStreamPtr, {iBuilder->CreateMul(outputBlocks, iBuilder->getInt32(i)), bid});
514        myResultStream = iBuilder->CreateOr(myResultStream, iBuilder->CreateLoad(nextStreamPtr));
515    }
516    iBuilder->CreateStore(myResultStream, iBuilder->CreateGEP(myResultStreamPtr, {iBuilder->getInt32(0), bid}));
517    strideNo->addIncoming(iBuilder->CreateAdd(strideNo, ConstantInt::get(int32ty, 1)), strideLoopBody);
518    iBuilder->CreateBr(strideLoopCond);
519
520    iBuilder->SetInsertPoint(stridesDone);
521    iBuilder->CreateRetVoid();
522
523    MDNode * Node = MDNode::get(M->getContext(),
524                                {llvm::ValueAsMetadata::get(main),
525                                 MDString::get(M->getContext(), "kernel"),
526                                 ConstantAsMetadata::get(ConstantInt::get(iBuilder->getInt32Ty(), 1))});
527    NamedMDNode *NMD = M->getOrInsertNamedMetadata("nvvm.annotations");
528    NMD->addOperand(Node);
529
530    Compile2PTX(M, "merge.ll", "merge.ptx");
531
532}
533
534editdFunctionType editdScanCPUCodeGen() {
535
536    LLVMContext TheContext;
537    Module * M = new Module("editd", TheContext);
538    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_Builder(M);
539    ExecutionEngine * editdEngine = nullptr;
540
541    Type * mBitBlockType = iBuilder->getBitBlockType();
542    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
543    Type * const voidTy = Type::getVoidTy(M->getContext());
544    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(mBitBlockType, editDistance+1), 0);
545
546    ExternalFileBuffer MatchResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy( editDistance+1, 1));
547
548    MMapSourceKernel mmapK(iBuilder);
549    mmapK.generateKernel({}, {&MatchResults});
550
551    kernel::editdScanKernel editdScanK(iBuilder, editDistance);
552    editdScanK.generateKernel({&MatchResults}, {});
553
554    Function * const main = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("CPU_Main", voidTy, inputType, size_ty, nullptr));
555    main->setCallingConv(CallingConv::C);
556    Function::arg_iterator args = main->arg_begin();
557
558    Value * const inputStream = &*(args++);
559    inputStream->setName("input");
560    Value * const fileSize = &*(args++);
561    fileSize->setName("fileSize");
562
563    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", main,0));
564
565    MatchResults.setStreamSetBuffer(inputStream);
566    mmapK.setInitialArguments({fileSize});
567
568    generatePipelineLoop(iBuilder, {&mmapK, &editdScanK});
569
570    iBuilder->CreateRetVoid();
571
572    editdEngine = JIT_to_ExecutionEngine(M);
573
574    editdEngine->finalizeObject();
575
576    return reinterpret_cast<editdFunctionType>(editdEngine->getPointerToFunction(main));
577}
578
579#endif
580
581int main(int argc, char *argv[]) {
582
583    cl::ParseCommandLineOptions(argc, argv);
584
585    int pattern_segs = 0;
586    int total_len = 0;
587
588    get_editd_pattern(pattern_segs, total_len);
589
590#ifdef CUDA_ENABLED
591    codegen::BlockSize = 64;
592#endif
593
594    preprocessFunctionType preprocess_ptr = preprocessCodeGen();
595    preprocess(preprocess_ptr);
596
597#ifdef CUDA_ENABLED
598    setNVPTXOption();
599    if(codegen::NVPTX){
600
601        std::ifstream t(PatternFilename);
602        if (!t.is_open()) {
603            std::cerr << "Error: cannot open " << PatternFilename << " for processing. Skipped.\n";
604            exit(-1);
605        }
606        std::string patterns((std::istreambuf_iterator<char>(t)), std::istreambuf_iterator<char>());
607
608        editdGPUCodeGen(patterns.length()/GROUPTHREADS - 1);
609
610        mergeGPUCodeGen();
611
612        ulong * rslt = RunPTX(PTXFilename, chStream, size, patterns.c_str(), patterns.length(), editDistance);
613
614        editdFunctionType editd_ptr = editdScanCPUCodeGen();
615
616        editd(editd_ptr, (char*)rslt, size);
617
618        run_second_filter(pattern_segs, total_len, 0.15);
619
620        return 0;
621    }
622#endif
623
624    if(pattVector.size() == 1){
625        editdFunctionType editd_ptr = editdCodeGen(pattVector);
626        editd(editd_ptr, chStream, size);
627    }
628    else{
629        if (Threads == 1) {
630            for(unsigned i=0; i<pattGroups.size(); i++){
631                editdFunctionType editd_ptr = editdCodeGen(pattGroups[i]);
632                editd(editd_ptr, chStream, size);
633            }
634        }
635        else{
636            const unsigned numOfThreads = Threads;
637            pthread_t threads[numOfThreads];
638            groupCount = 0;
639
640            for(unsigned long i = 0; i < numOfThreads; ++i){
641                const int rc = pthread_create(&threads[i], NULL, DoEditd, (void *)i);
642                if (rc) {
643                    llvm::report_fatal_error("Failed to create thread: code " + std::to_string(rc));
644                }
645            }
646
647            for(unsigned i = 0; i < numOfThreads; ++i) {
648                void * status = nullptr;
649                const int rc = pthread_join(threads[i], &status);
650                if (rc) {
651                    llvm::report_fatal_error("Failed to join thread: code " + std::to_string(rc));
652                }
653            }
654
655        }
656        run_second_filter(pattern_segs, total_len, 0.15);
657    }
658
659    return 0;
660}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.