source: icGREP/icgrep-devel/icgrep/grep_engine.cpp @ 5357

Last change on this file since 5357 was 5357, checked in by xuedongx, 2 years ago

delete the linebreak computation in icgrep

File size: 31.0 KB
Line 
1/*
2 *  Copyright (c) 2016 International Characters.
3 *  This software is licensed to the public under the Open Software License 3.0.
4 *  icgrep is a trademark of International Characters.
5 */
6
7#include "grep_engine.h"
8#include <llvm/IR/Module.h>
9#include <llvm/ExecutionEngine/MCJIT.h>
10#include <llvm/IR/Verifier.h>
11#include <llvm/Support/CommandLine.h>
12#include <boost/filesystem.hpp>
13#include <boost/iostreams/device/mapped_file.hpp>
14#include <IR_Gen/idisa_builder.h>
15#include <IR_Gen/idisa_target.h>
16#include <UCD/UnicodeNameData.h>
17#include <UCD/resolve_properties.h>
18#include <kernels/cc_kernel.h>
19#include <kernels/linebreak_kernel.h>
20#include <kernels/streams_merge.h>
21#include <kernels/match_count.h>
22#include <kernels/pipeline.h>
23#include <kernels/mmap_kernel.h>
24#include <kernels/s2p_kernel.h>
25#include <kernels/scanmatchgen.h>
26#include <kernels/streamset.h>
27#include <kernels/interface.h>
28#include <pablo/pablo_compiler.h>
29#include <pablo/pablo_kernel.h>
30#include <pablo/pablo_toolchain.h>
31#include <re/re_cc.h>
32#include <re/re_toolchain.h>
33#include <toolchain.h>
34#include <iostream>
35#include <sstream>
36#ifdef CUDA_ENABLED
37#include <IR_Gen/CudaDriver.h>
38#include "preprocess.cpp"
39#endif
40#include <util/aligned_allocator.h>
41
42
43using namespace parabix;
44using namespace llvm;
45
46static cl::OptionCategory bGrepOutputOptions("Output Options",
47                                             "These options control the output.");
48static cl::opt<bool> SilenceFileErrors("s", cl::desc("Suppress messages for file errors."), cl::init(false),  cl::cat(bGrepOutputOptions));
49
50static cl::opt<bool> SuppressOutput("q", cl::desc("Suppress normal output; set return code only."), cl::init(false),  cl::cat(bGrepOutputOptions));
51
52static cl::opt<bool> NormalizeLineBreaks("normalize-line-breaks", cl::desc("Normalize line breaks to std::endl."), cl::init(false),  cl::cat(bGrepOutputOptions));
53
54static cl::opt<bool> ShowFileNames("H", cl::desc("Show the file name with each matching line."), cl::cat(bGrepOutputOptions));
55static cl::alias ShowFileNamesLong("with-filename", cl::desc("Alias for -H"), cl::aliasopt(ShowFileNames));
56
57static cl::opt<bool> ShowLineNumbers("n", cl::desc("Show the line number with each matching line."), cl::cat(bGrepOutputOptions));
58static cl::alias ShowLineNumbersLong("line-number", cl::desc("Alias for -n"), cl::aliasopt(ShowLineNumbers));
59
60static cl::opt<bool> pipelineParallel("enable-pipeline-parallel", cl::desc("Enable multithreading with pipeline parallelism."), cl::cat(bGrepOutputOptions));
61
62static cl::opt<bool> segmentPipelineParallel("enable-segment-pipeline-parallel", cl::desc("Enable multithreading with segment pipeline parallelism."), cl::cat(bGrepOutputOptions));
63
64bool isUTF_16 = false;
65std::string IRFilename = "icgrep.ll";
66std::string PTXFilename = "icgrep.ptx";
67
68static re::CC * parsedCodePointSet = nullptr;
69static std::vector<std::string> parsedPropertyValues;
70
71#ifdef CUDA_ENABLED
72int blockNo = 0;
73size_t * startPoints = nullptr;
74size_t * accumBytes = nullptr;
75#endif
76
77void GrepEngine::doGrep(const std::string & fileName, const int fileIdx, bool CountOnly, std::vector<size_t> & total_CountOnly, bool UTF_16) {
78    boost::filesystem::path file(fileName);
79    if (exists(file)) {
80        if (is_directory(file)) {
81            return;
82        }
83    } else {
84        if (!SilenceFileErrors) {
85            std::cerr << "Error: cannot open " << fileName << " for processing. Skipped.\n";
86            return;
87        }
88    }
89
90    const auto fileSize = file_size(file);
91    if (fileSize > 0) {
92        try {
93            boost::iostreams::mapped_file_source source(fileName, fileSize, 0);
94            char * fileBuffer = const_cast<char *>(source.data());
95           
96#ifdef CUDA_ENABLED 
97            if(codegen::NVPTX){
98                codegen::BlockSize = 128;
99                char * LineBreak;
100                if (posix_memalign((void**)&LineBreak, 32, fileSize)) {
101                    std::cerr << "Cannot allocate memory for linebreak.\n";
102                    exit(-1);
103                }
104                std::vector<size_t> LFPositions = preprocess(fileBuffer, fileSize, LineBreak);
105
106                const unsigned numOfGroups = codegen::GroupNum;
107                if (posix_memalign((void**)&startPoints, 8, (numOfGroups+1)*sizeof(size_t)) ||
108                    posix_memalign((void**)&accumBytes, 8, (numOfGroups+1)*sizeof(size_t))) {
109                    std::cerr << "Cannot allocate memory for startPoints or accumBytes.\n";
110                    exit(-1);
111                }
112
113                ulong * rslt = RunPTX(PTXFilename, fileBuffer, fileSize, CountOnly, LFPositions, startPoints, accumBytes);
114                if (CountOnly){
115                    exit(0);
116                }
117                else{
118                    size_t intputSize = startPoints[numOfGroups]-accumBytes[numOfGroups]+accumBytes[numOfGroups-1];
119                    mGrepFunction_CPU((char *)rslt, LineBreak, fileBuffer, intputSize, fileIdx);
120                    return;
121                }
122               
123            } 
124#endif
125            if (CountOnly) {
126                total_CountOnly[fileIdx] = mGrepFunction_CountOnly(fileBuffer, fileSize, fileIdx);
127            } else {
128                mGrepFunction(fileBuffer, fileSize, fileIdx);
129            }
130            source.close();
131        } catch (std::exception & e) {
132            if (!SilenceFileErrors) {
133                std::cerr << "Boost mmap error: " + fileName + ": " + e.what() + " Skipped.\n";
134                return;
135            }
136        }
137    } else {
138#ifdef CUDA_ENABLED
139        if (codegen::NVPTX){
140            std::cout << 0 << std::endl;
141            exit(0);
142        }
143#endif
144        if (CountOnly) {
145            total_CountOnly[fileIdx] = mGrepFunction_CountOnly(nullptr, 0, fileIdx);
146        } else {
147            mGrepFunction(nullptr, 0, fileIdx);
148        }
149    }
150}
151
152
153Function * generateGPUKernel(Module * m, IDISA::IDISA_Builder * iBuilder, bool CountOnly){
154    Type * const int64ty = iBuilder->getInt64Ty();
155    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
156    Type * const int32ty = iBuilder->getInt32Ty();
157    Type * const sizeTyPtr = PointerType::get(size_ty, 1);
158    Type * const int64tyPtr = PointerType::get(int64ty, 1);
159    Type * const inputType = PointerType::get(iBuilder->getInt8Ty(), 1);
160    Type * const resultTy = iBuilder->getVoidTy();
161    Function * kernelFunc = cast<Function>(m->getOrInsertFunction("GPU_Main", resultTy, inputType, sizeTyPtr, sizeTyPtr, int64tyPtr, nullptr));
162    kernelFunc->setCallingConv(CallingConv::C);
163    Function::arg_iterator args = kernelFunc->arg_begin();
164
165    Value * const inputPtr = &*(args++);
166    inputPtr->setName("inputPtr");
167    Value * const startPointsPtr = &*(args++);
168    startPointsPtr->setName("startPointsPtr");
169    Value * const bufferSizesPtr = &*(args++);
170    bufferSizesPtr->setName("bufferSizesPtr");
171    Value * const outputPtr = &*(args++);
172    outputPtr->setName("resultPtr");
173
174    BasicBlock * entryBlock = BasicBlock::Create(m->getContext(), "entry", kernelFunc, 0);
175    iBuilder->SetInsertPoint(entryBlock);
176
177    Function * tidFunc = m->getFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.tid.x");
178    Value * tid = iBuilder->CreateCall(tidFunc);
179    Function * bidFunc = cast<Function>(m->getOrInsertFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.ctaid.x", int32ty, nullptr));
180    Value * bid = iBuilder->CreateCall(bidFunc);
181
182    Value * startPoint = iBuilder->CreateLoad(iBuilder->CreateGEP(startPointsPtr, bid));
183
184    Function * mainFunc = m->getFunction("Main");
185    Value * startBlock = iBuilder->CreateUDiv(startPoint, ConstantInt::get(int64ty, iBuilder->getBitBlockWidth()));
186    Type * const inputStreamType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), 8), 1), 1);   
187    Value * inputStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(iBuilder->CreateBitCast(inputPtr, inputStreamType), startBlock);
188    Value * inputStream = iBuilder->CreateGEP(inputStreamPtr, tid);
189    Value * bufferSize = iBuilder->CreateLoad(iBuilder->CreateGEP(bufferSizesPtr, bid));
190
191    if (CountOnly){
192        Value * strideBlocks = ConstantInt::get(int32ty, iBuilder->getStride() / iBuilder->getBitBlockWidth());
193        Value * outputThreadPtr = iBuilder->CreateGEP(outputPtr, iBuilder->CreateAdd(iBuilder->CreateMul(bid, strideBlocks), tid));
194        Value * result = iBuilder->CreateCall(mainFunc, {inputStream, bufferSize});
195        iBuilder->CreateStore(result, outputThreadPtr);
196    }
197    else {
198        Type * const outputStremType = PointerType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), 1), 1);
199        Value * outputStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(iBuilder->CreateBitCast(outputPtr, outputStremType), startBlock);
200        Value * outputStream = iBuilder->CreateGEP(outputStreamPtr, tid);
201        iBuilder->CreateCall(mainFunc, {inputStream, bufferSize, outputStream});
202    }   
203
204    iBuilder->CreateRetVoid();
205    return kernelFunc;
206}
207
208Function * generateCPUKernel(Module * m, IDISA::IDISA_Builder * iBuilder, GrepType grepType){
209    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
210    Type * const int8PtrTy = iBuilder->getInt8PtrTy();
211    Type * const rsltType = PointerType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), 1), 0);
212    Function * const mainCPUFn = cast<Function>(m->getOrInsertFunction("CPU_Main", iBuilder->getVoidTy(), rsltType, rsltType, int8PtrTy, size_ty, size_ty, nullptr));
213    mainCPUFn->setCallingConv(CallingConv::C);
214    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(m->getContext(), "entry", mainCPUFn, 0));
215    Function::arg_iterator args = mainCPUFn->arg_begin();
216   
217    Value * const rsltStream = &*(args++);
218    rsltStream->setName("rslt");
219    Value * const lbStream = &*(args++);
220    lbStream->setName("lb");
221    Value * const inputStream = &*(args++);
222    inputStream->setName("input");
223    Value * const fileSize = &*(args++);
224    fileSize->setName("fileSize");
225    Value * const fileIdx = &*(args++);
226    fileIdx->setName("fileIdx");
227
228    const unsigned segmentSize = codegen::SegmentSize;
229   
230    ExternalFileBuffer MatchResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1));
231    MatchResults.setStreamSetBuffer(rsltStream, fileSize);
232
233    kernel::MMapSourceKernel mmapK1(iBuilder, segmentSize); 
234    mmapK1.setName("mmap1");
235    mmapK1.generateKernel({}, {&MatchResults});
236    mmapK1.setInitialArguments({fileSize});
237
238    ExternalFileBuffer LineBreak(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1));
239    LineBreak.setStreamSetBuffer(lbStream, fileSize);
240   
241    kernel::MMapSourceKernel mmapK2(iBuilder, segmentSize); 
242    mmapK2.setName("mmap2");
243    mmapK2.generateKernel({}, {&LineBreak});
244    mmapK2.setInitialArguments({fileSize});
245
246    kernel::ScanMatchKernel scanMatchK(iBuilder, grepType);
247    scanMatchK.generateKernel({&MatchResults, &LineBreak}, {});
248    scanMatchK.setInitialArguments({iBuilder->CreateBitCast(inputStream, int8PtrTy), fileSize, fileIdx});
249   
250    generatePipelineLoop(iBuilder, {&mmapK1, &mmapK2, &scanMatchK});
251    iBuilder->CreateRetVoid();
252
253    return mainCPUFn;
254}
255
256void GrepEngine::multiGrepCodeGen(std::string moduleName, std::vector<re::RE *> REs, bool CountOnly, bool UTF_16, GrepType grepType) {
257
258    isUTF_16 = UTF_16;
259    Module * M = new Module(moduleName + ":icgrep", getGlobalContext());; 
260    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_Builder(M);; 
261
262    const unsigned segmentSize = codegen::SegmentSize;
263    const unsigned bufferSegments = segmentPipelineParallel ? (codegen::BufferSegments * codegen::ThreadNum) : codegen::BufferSegments;
264    const unsigned encodingBits = UTF_16 ? 16 : 8;
265
266    mGrepType = grepType;
267
268    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
269    Type * const int8PtrTy = iBuilder->getInt8PtrTy();
270    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), encodingBits), 1), 0);
271    Type * const resultTy = CountOnly ? size_ty : iBuilder->getVoidTy();
272
273    Function * mainFn = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("Main", resultTy, inputType, size_ty, size_ty, nullptr));
274    mainFn->setCallingConv(CallingConv::C);
275    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", mainFn, 0));
276    Function::arg_iterator args = mainFn->arg_begin();
277   
278    Value * inputStream = &*(args++);
279    inputStream->setName("input");
280    Value * fileSize = &*(args++);
281    fileSize->setName("fileSize");
282    Value * fileIdx = &*(args++);
283    fileIdx->setName("fileIdx");
284
285    ExternalFileBuffer ByteStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 8));   
286    CircularBuffer BasisBits(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(8), segmentSize * bufferSegments);
287    ByteStream.setStreamSetBuffer(inputStream, fileSize);
288    BasisBits.allocateBuffer();
289   
290    kernel::MMapSourceKernel mmapK(iBuilder, segmentSize); 
291    mmapK.generateKernel({}, {&ByteStream});
292    mmapK.setInitialArguments({fileSize});
293
294    kernel::S2PKernel  s2pk(iBuilder);
295    s2pk.generateKernel({&ByteStream}, {&BasisBits});
296   
297    std::vector<pablo::PabloKernel *> icgrepKs;
298    std::vector<StreamSetBuffer *> MatchResultsBufs;
299
300    for(unsigned i=0; i<REs.size(); i++){   
301        pablo::PabloKernel * icgrepK = new pablo::PabloKernel(iBuilder, "icgrep"+std::to_string(i), {Binding{iBuilder->getStreamSetTy(8), "basis"}, Binding{iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), "linebreak"}});
302        re::re2pablo_compiler(icgrepK, re::regular_expression_passes(REs[i]), false);
303        pablo_function_passes(icgrepK);
304        icgrepKs.push_back(icgrepK);
305        CircularBuffer * MatchResults = new CircularBuffer(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(2, 1), segmentSize * bufferSegments);       
306        MatchResults->allocateBuffer();
307        MatchResultsBufs.push_back(MatchResults);
308    }   
309
310    std::vector<kernel::KernelBuilder *> KernelList;
311    KernelList.push_back(&mmapK);
312    KernelList.push_back(&s2pk);
313
314    CircularBuffer mergedResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), segmentSize * bufferSegments);
315    mergedResults.allocateBuffer();
316
317    kernel::StreamsMerge streamsMergeK(iBuilder, 1, REs.size());
318    streamsMergeK.generateKernel(MatchResultsBufs, {&mergedResults});
319
320    kernel::LineBreakKernelBuilder linebreakK(iBuilder, "lb", encodingBits);
321    CircularBuffer LineBreakStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), segmentSize * bufferSegments);
322    LineBreakStream.allocateBuffer();
323    linebreakK.generateKernel({&BasisBits}, {&LineBreakStream});
324   
325    KernelList.push_back(&linebreakK);
326    for(unsigned i=0; i<REs.size(); i++){
327        icgrepKs[i]->generateKernel({&BasisBits, &LineBreakStream}, {MatchResultsBufs[i]});
328        KernelList.push_back(icgrepKs[i]);
329    }
330    KernelList.push_back(&streamsMergeK);
331
332    if (CountOnly) {
333        kernel::MatchCount matchCountK(iBuilder);
334        matchCountK.generateKernel({&mergedResults}, {}); 
335
336        KernelList.push_back(&matchCountK); 
337
338        if (pipelineParallel){
339            generatePipelineParallel(iBuilder, KernelList);
340        } else if (segmentPipelineParallel){
341            generateSegmentParallelPipeline(iBuilder, KernelList);
342        }  else{
343            generatePipelineLoop(iBuilder, KernelList);
344        }
345        iBuilder->CreateRet(matchCountK.getScalarField(matchCountK.getInstance(), "matchedLineCount"));
346
347    }
348    else{
349        kernel::ScanMatchKernel scanMatchK(iBuilder, mGrepType);
350        scanMatchK.generateKernel({&mergedResults, &LineBreakStream}, {});               
351        scanMatchK.setInitialArguments({iBuilder->CreateBitCast(inputStream, int8PtrTy), fileSize, fileIdx});
352
353        KernelList.push_back(&scanMatchK);
354
355        if (pipelineParallel){
356            generatePipelineParallel(iBuilder, KernelList);
357        } else if (segmentPipelineParallel){
358            generateSegmentParallelPipeline(iBuilder, KernelList);
359        }  else{
360            generatePipelineLoop(iBuilder, KernelList);
361        }
362       
363        iBuilder->CreateRetVoid();
364    }
365   
366    mEngine = JIT_to_ExecutionEngine(M);
367    ApplyObjectCache(mEngine);
368    icgrep_Linking(M, mEngine);
369
370#ifndef NDEBUG
371    verifyModule(*M, &dbgs());
372#endif
373
374    mEngine->finalizeObject();
375    delete iBuilder;
376   
377    if (CountOnly) {
378        mGrepFunction_CountOnly = reinterpret_cast<GrepFunctionType_CountOnly>(mEngine->getPointerToFunction(mainFn));
379    } else {
380        mGrepFunction = reinterpret_cast<GrepFunctionType>(mEngine->getPointerToFunction(mainFn));
381    }
382
383}
384
385void GrepEngine::grepCodeGen(std::string moduleName, re::RE * re_ast, bool CountOnly, bool UTF_16, GrepType grepType) {
386    isUTF_16 = UTF_16;
387    int addrSpace = 0;
388    bool CPU_Only = true;
389    Module * M = nullptr; 
390    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = nullptr; 
391
392#ifdef CUDA_ENABLED
393    setNVPTXOption(); 
394    if (codegen::NVPTX) {
395        Module * gpuM = new Module(moduleName+":gpu", getGlobalContext());
396        IDISA::IDISA_Builder * GPUBuilder = IDISA::GetIDISA_GPU_Builder(gpuM);
397        M = gpuM;
398        iBuilder = GPUBuilder;
399        M->setDataLayout("e-p:64:64:64-i1:8:8-i8:8:8-i16:16:16-i32:32:32-i64:64:64-f32:32:32-f64:64:64-v16:16:16-v32:32:32-v64:64:64-v128:128:128-n16:32:64");
400        M->setTargetTriple("nvptx64-nvidia-cuda");
401        addrSpace = 1;
402        CPU_Only = false;
403        codegen::BlockSize = 64;
404    }
405#endif
406
407    Module * cpuM = new Module(moduleName + ":cpu", getGlobalContext());
408    IDISA::IDISA_Builder * CPUBuilder = IDISA::GetIDISA_Builder(cpuM);
409
410    if (CPU_Only) {
411        M = cpuM;
412        iBuilder = CPUBuilder;
413    }
414
415    // segment size made availabe for each call to the mmap source kernel
416    const unsigned segmentSize = codegen::SegmentSize;
417    const unsigned bufferSegments = segmentPipelineParallel ? (codegen::BufferSegments * codegen::ThreadNum) : codegen::BufferSegments;
418    const unsigned encodingBits = UTF_16 ? 16 : 8;
419
420    mGrepType = grepType;
421
422    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
423    Type * const int8PtrTy = iBuilder->getInt8PtrTy();
424    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), encodingBits), 1), addrSpace);
425    Type * const resultTy = CountOnly ? size_ty : iBuilder->getVoidTy();
426
427    Function * mainFn = nullptr;
428    Value * inputStream = nullptr;
429    Value * fileSize = nullptr;
430    Value * fileIdx = nullptr;
431
432#ifdef CUDA_ENABLED   
433    Value * outputStream = nullptr;
434    Type * const outputType = PointerType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), 1), addrSpace);
435    if (codegen::NVPTX){
436        if (CountOnly){
437            mainFn = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("Main", resultTy, inputType, size_ty, nullptr));
438            mainFn->setCallingConv(CallingConv::C);
439            iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", mainFn, 0));
440            Function::arg_iterator args = mainFn->arg_begin();
441           
442            inputStream = &*(args++);
443            inputStream->setName("input");
444            fileSize = &*(args++);
445            fileSize->setName("fileSize");
446        } else {
447            mainFn = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("Main", resultTy, inputType, size_ty, outputType, nullptr));
448            mainFn->setCallingConv(CallingConv::C);
449            iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", mainFn, 0));
450            Function::arg_iterator args = mainFn->arg_begin();
451           
452            inputStream = &*(args++);
453            inputStream->setName("input");
454            fileSize = &*(args++);
455            fileSize->setName("fileSize");
456            outputStream = &*(args++);
457            outputStream->setName("output");
458        }
459    } 
460#endif
461    if (CPU_Only) {
462        mainFn = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("Main", resultTy, inputType, size_ty, size_ty, nullptr));
463        mainFn->setCallingConv(CallingConv::C);
464        iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", mainFn, 0));
465        Function::arg_iterator args = mainFn->arg_begin();
466       
467        inputStream = &*(args++);
468        inputStream->setName("input");
469        fileSize = &*(args++);
470        fileSize->setName("fileSize");
471        fileIdx = &*(args++);
472        fileIdx->setName("fileIdx");
473    }
474       
475    ExternalFileBuffer ByteStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 8));
476   
477    kernel::MMapSourceKernel mmapK(iBuilder, segmentSize); 
478    mmapK.generateKernel({}, {&ByteStream});
479    mmapK.setInitialArguments({fileSize});
480   
481    CircularBuffer BasisBits(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(8), segmentSize * bufferSegments);
482
483    kernel::S2PKernel  s2pk(iBuilder);
484    s2pk.generateKernel({&ByteStream}, {&BasisBits});
485   
486    kernel::LineBreakKernelBuilder linebreakK(iBuilder, "lb", encodingBits);
487    CircularBuffer LineBreakStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), segmentSize * bufferSegments);
488
489    linebreakK.generateKernel({&BasisBits}, {&LineBreakStream});
490    LineBreakStream.allocateBuffer();
491
492    pablo::PabloKernel icgrepK(iBuilder, "icgrep", {Binding{iBuilder->getStreamSetTy(8), "basis"}, Binding{iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), "linebreak"}});
493    re::re2pablo_compiler(&icgrepK, re::regular_expression_passes(re_ast), CountOnly);
494    pablo_function_passes(&icgrepK);
495
496    ByteStream.setStreamSetBuffer(inputStream, fileSize);
497    BasisBits.allocateBuffer();
498
499    if (CountOnly) {
500        icgrepK.generateKernel({&BasisBits, &LineBreakStream}, {});
501        if (pipelineParallel) {
502            generatePipelineParallel(iBuilder, {&mmapK, &s2pk, &linebreakK, &icgrepK});
503        } else if (segmentPipelineParallel) {
504            generateSegmentParallelPipeline(iBuilder, {&mmapK, &s2pk, &linebreakK, &icgrepK});
505        } else {
506            generatePipelineLoop(iBuilder, {&mmapK, &s2pk, &linebreakK, &icgrepK});
507        }
508        iBuilder->CreateRet(icgrepK.createGetAccumulatorCall(icgrepK.getInstance(), "matchedLineCount"));
509    } else {
510#ifdef CUDA_ENABLED
511        if (codegen::NVPTX){
512            ExternalFileBuffer MatchResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), addrSpace);
513            MatchResults.setStreamSetBuffer(outputStream, fileSize);
514
515            icgrepK.generateKernel({&BasisBits, &LineBreakStream},  {&MatchResults});
516            generatePipelineLoop(iBuilder, {&mmapK, &s2pk, &linebreakK, &icgrepK});
517
518        }
519#endif
520        if (CPU_Only) {
521            CircularBuffer MatchResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), segmentSize * bufferSegments);
522            MatchResults.allocateBuffer();
523
524            icgrepK.generateKernel({&BasisBits, &LineBreakStream}, {&MatchResults});
525
526            kernel::ScanMatchKernel scanMatchK(iBuilder, mGrepType);
527            scanMatchK.generateKernel({&MatchResults, &LineBreakStream}, {});               
528            scanMatchK.setInitialArguments({iBuilder->CreateBitCast(inputStream, int8PtrTy), fileSize, fileIdx});
529           
530            if (pipelineParallel) {
531                generatePipelineParallel(iBuilder, {&mmapK, &s2pk, &linebreakK, &icgrepK, &scanMatchK});
532            } else if (segmentPipelineParallel) {
533                generateSegmentParallelPipeline(iBuilder, {&mmapK, &s2pk, &linebreakK, &icgrepK, &scanMatchK});
534            } else {
535                generatePipelineLoop(iBuilder, {&mmapK, &s2pk, &linebreakK, &icgrepK, &scanMatchK});
536            }
537        }
538        iBuilder->CreateRetVoid();
539    }
540
541#ifdef CUDA_ENABLED
542    Function * mainCPUFn = nullptr;
543    if(codegen::NVPTX){
544        Function * kernelFunction = generateGPUKernel(M, iBuilder, CountOnly);
545        MDNode * Node = MDNode::get(M->getContext(),
546                                    {llvm::ValueAsMetadata::get(kernelFunction),
547                                     MDString::get(M->getContext(), "kernel"), 
548                                     ConstantAsMetadata::get(ConstantInt::get(iBuilder->getInt32Ty(), 1))});
549        NamedMDNode *NMD = M->getOrInsertNamedMetadata("nvvm.annotations");
550        NMD->addOperand(Node);
551   
552        Compile2PTX(M, IRFilename, PTXFilename);
553        mainCPUFn = generateCPUKernel(cpuM, CPUBuilder, mGrepType);
554        if (CountOnly) return;
555    }
556#endif
557
558
559    mEngine = JIT_to_ExecutionEngine(cpuM);
560    ApplyObjectCache(mEngine);
561    icgrep_Linking(cpuM, mEngine);
562
563#ifndef NDEBUG
564    verifyModule(*M, &dbgs());
565#endif
566
567    mEngine->finalizeObject();
568    delete iBuilder;
569   
570    if (CountOnly) {
571        mGrepFunction_CountOnly = reinterpret_cast<GrepFunctionType_CountOnly>(mEngine->getPointerToFunction(mainFn));
572    } else {
573#ifdef CUDA_ENABLED
574        if(codegen::NVPTX){
575            mGrepFunction_CPU = reinterpret_cast<GrepFunctionType_CPU>(mEngine->getPointerToFunction(mainCPUFn));
576        }
577#endif
578        if (CPU_Only) {
579            mGrepFunction = reinterpret_cast<GrepFunctionType>(mEngine->getPointerToFunction(mainFn));
580        }
581    }
582
583}
584
585re::CC * GrepEngine::grepCodepoints() {
586    parsedCodePointSet = re::makeCC();
587    char * mFileBuffer = getUnicodeNameDataPtr();
588    size_t mFileSize = getUnicodeNameDataSize();
589    mGrepFunction(mFileBuffer, mFileSize, 0);
590    return parsedCodePointSet;
591}
592
593const std::vector<std::string> & GrepEngine::grepPropertyValues(const std::string& propertyName) {
594    enum { MaxSupportedVectorWidthInBytes = 32 };
595    AlignedAllocator<char, MaxSupportedVectorWidthInBytes> alloc;
596    parsedPropertyValues.clear();
597    const std::string & str = UCD::getPropertyValueGrepString(propertyName);
598    const auto n = str.length();
599    // NOTE: MaxSupportedVectorWidthInBytes of trailing 0s are needed to prevent the grep function from
600    // erroneously matching garbage data when loading the final partial block.
601    char * aligned = alloc.allocate(n + MaxSupportedVectorWidthInBytes, 0);
602    std::memcpy(aligned, str.data(), n);
603    std::memset(aligned + n, 0, MaxSupportedVectorWidthInBytes);
604    mGrepFunction(aligned, n, 0);
605    alloc.deallocate(aligned, 0);
606    return parsedPropertyValues;
607}
608
609static int * total_count;
610static std::stringstream * resultStrs = nullptr;
611static std::vector<std::string> inputFiles;
612
613void initResult(std::vector<std::string> filenames){
614    const int n = filenames.size();
615    if (n > 1) {
616        ShowFileNames = true;
617    }
618    inputFiles = filenames;
619    resultStrs = new std::stringstream[n];
620    total_count = new int[n];
621    for (unsigned i = 0; i < inputFiles.size(); ++i){
622        total_count[i] = 0;
623    }
624   
625}
626
627extern "C" {
628    void wrapped_report_match(size_t lineNum, size_t line_start, size_t line_end, const char * buffer, size_t filesize, int fileIdx) {
629        assert (buffer);
630#ifdef CUDA_ENABLED
631    if (codegen::NVPTX){
632        while(line_start>startPoints[blockNo]) blockNo++;
633        line_start -= accumBytes[blockNo-1];
634        line_end -= accumBytes[blockNo-1];
635    }
636#endif
637        int index = isUTF_16 ? 2 : 1;
638        int idx = fileIdx;
639         
640        if (ShowFileNames) {
641            resultStrs[idx] << inputFiles[idx] << ':';
642        }
643        if (ShowLineNumbers) {
644            resultStrs[idx] << lineNum << ":";
645        }
646       
647        if ((!isUTF_16 && buffer[line_start] == 0xA) && (line_start != line_end)) {
648            // The line "starts" on the LF of a CRLF.  Really the end of the last line.
649            line_start++;
650        }
651        if (((isUTF_16 && buffer[line_start] == 0x0) && buffer[line_start + 1] == 0xA) && (line_start != line_end)) {
652            // The line "starts" on the LF of a CRLF.  Really the end of the last line.
653            line_start += 2;
654        }
655        if (line_end == filesize) {
656            // The match position is at end-of-file.   We have a final unterminated line.
657            resultStrs[idx].write(&buffer[line_start * index], (line_end - line_start) * index);
658            if (NormalizeLineBreaks) {
659                resultStrs[idx] << '\n';  // terminate it
660            }
661            return;
662        }
663        unsigned char end_byte = (unsigned char)buffer[line_end]; 
664        unsigned char penult_byte = (unsigned char)(buffer[line_end - 1]);
665        if (NormalizeLineBreaks) {
666            if (end_byte == 0x85) {
667                // Line terminated with NEL, on the second byte.  Back up 1.
668                line_end--;
669            } else if (end_byte > 0xD) {
670                // Line terminated with PS or LS, on the third byte.  Back up 2.
671                isUTF_16 ? line_end-- : line_end -= 2;
672            }
673            resultStrs[idx].write(&buffer[line_start * index], (line_end - line_start) * index);
674            resultStrs[idx] << '\n';
675        } else {
676            if ((!isUTF_16 && end_byte == 0x0D) || (isUTF_16 && (end_byte == 0x0D && penult_byte == 0x0))) {
677                // Check for line_end on first byte of CRLF;  note that we don't
678                // want to access past the end of buffer.
679                if (line_end + 1 < filesize) {
680                    if (!isUTF_16 && buffer[line_end + 1] == 0x0A) {
681                        // Found CRLF; preserve both bytes.
682                        line_end++;
683                    }
684                    if (isUTF_16 && buffer[line_end + 1] == 0x0 && buffer[line_end + 2] == 0x0A) {
685                        // Found CRLF; preserve both bytes.
686                        line_end += 2;
687                    }
688                }
689            }
690            resultStrs[idx].write(&buffer[line_start * index], (line_end - line_start + 1) * index);
691        }
692    }
693}
694
695void PrintResult(bool CountOnly, std::vector<size_t> & total_CountOnly){
696   
697    if(CountOnly){
698        if (!ShowFileNames) {
699            for (unsigned i = 0; i < inputFiles.size(); ++i){
700                std::cout << total_CountOnly[i] << std::endl;
701            }
702        }
703        else {
704            for (unsigned i = 0; i < inputFiles.size(); ++i){
705                std::cout << inputFiles[i] << ':' << total_CountOnly[i] << std::endl;
706            };
707        }
708        return;
709    }
710   
711    for (unsigned i = 0; i < inputFiles.size(); ++i){
712        std::cout << resultStrs[i].str();
713    }
714}
715
716extern "C" {
717    void insert_codepoints(size_t lineNum, size_t line_start, size_t line_end, const char * buffer) {
718        assert (buffer);
719        re::codepoint_t c = 0;
720        ssize_t line_pos = line_start;
721        while (isxdigit(buffer[line_pos])) {
722            if (isdigit(buffer[line_pos])) {
723                c = (c << 4) | (buffer[line_pos] - '0');
724            }
725            else {
726                c = (c << 4) | (tolower(buffer[line_pos]) - 'a' + 10);
727            }
728            line_pos++;
729        }
730        assert(((line_pos - line_start) >= 4) && ((line_pos - line_start) <= 6)); // UCD format 4 to 6 hex digits.       
731        parsedCodePointSet->insert(c);
732    }
733}
734
735extern "C" {
736    void insert_property_values(size_t lineNum, size_t line_start, size_t line_end, const char * buffer) {
737        parsedPropertyValues.emplace_back(buffer + line_start, buffer + line_end);
738    }
739}
740
741void icgrep_Linking(Module * m, ExecutionEngine * e) {
742    Module::FunctionListType & fns = m->getFunctionList();
743    for (auto it = fns.begin(), it_end = fns.end(); it != it_end; ++it) {
744        std::string fnName = it->getName().str();
745        if (fnName == "s2p_block") continue;
746        if (fnName == "process_block") continue;
747        if (fnName == "process_block_initialize_carries") continue;
748       
749        if (fnName == "wrapped_report_match") {
750            e->addGlobalMapping(cast<GlobalValue>(it), (void *)&wrapped_report_match);
751        }
752        if (fnName == "insert_codepoints") {
753            e->addGlobalMapping(cast<GlobalValue>(it), (void *)&insert_codepoints);
754        }
755        if (fnName == "insert_property_values") {
756            e->addGlobalMapping(cast<GlobalValue>(it), (void *)&insert_property_values);
757        }
758    }
759}
760
761GrepEngine::GrepEngine()
762: mGrepFunction(nullptr)
763, mGrepFunction_CountOnly(nullptr)
764, mGrepFunction_CPU(nullptr)
765, mGrepType(GrepType::Normal)
766, mEngine(nullptr) {
767
768}
769
770GrepEngine::~GrepEngine() {
771    delete mEngine;
772}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.