source: icGREP/icgrep-devel/icgrep/grep_engine.cpp @ 5386

Last change on this file since 5386 was 5386, checked in by nmedfort, 2 years ago

Replaced stdin input stream with mmap'ed buffer and aligned each read call to the page size.

File size: 30.5 KB
Line 
1/*
2 *  Copyright (c) 2016 International Characters.
3 *  This software is licensed to the public under the Open Software License 3.0.
4 *  icgrep is a trademark of International Characters.
5 */
6
7#include "grep_engine.h"
8#include <llvm/IR/Module.h>
9#include <llvm/ExecutionEngine/MCJIT.h>
10#include <llvm/IR/Verifier.h>
11#include <llvm/Support/CommandLine.h>
12#include <boost/filesystem.hpp>
13#include <boost/iostreams/device/mapped_file.hpp>
14#include <IR_Gen/idisa_builder.h>
15#include <IR_Gen/idisa_target.h>
16#include <UCD/UnicodeNameData.h>
17#include <UCD/resolve_properties.h>
18#include <kernels/cc_kernel.h>
19#include <kernels/linebreak_kernel.h>
20#include <kernels/streams_merge.h>
21#include <kernels/match_count.h>
22#include <kernels/mmap_kernel.h>
23#include <kernels/s2p_kernel.h>
24#include <kernels/scanmatchgen.h>
25#include <kernels/streamset.h>
26#include <kernels/stdin_kernel.h>
27#include <pablo/pablo_compiler.h>
28#include <pablo/pablo_kernel.h>
29#include <pablo/pablo_toolchain.h>
30#include <re/re_cc.h>
31#include <re/re_toolchain.h>
32#include <toolchain.h>
33#include <iostream>
34#include <sstream>
35#include <cc/multiplex_CCs.h>
36
37#include <llvm/Support/raw_ostream.h>
38#include <sys/stat.h>
39
40
41#ifdef CUDA_ENABLED
42#include <IR_Gen/CudaDriver.h>
43#include "preprocess.cpp"
44#endif
45#include <util/aligned_allocator.h>
46
47using namespace parabix;
48using namespace llvm;
49
50static cl::OptionCategory bGrepOutputOptions("Output Options",
51                                             "These options control the output.");
52static cl::opt<bool> SilenceFileErrors("s", cl::desc("Suppress messages for file errors."), cl::init(false),  cl::cat(bGrepOutputOptions));
53
54static cl::opt<bool> SuppressOutput("q", cl::desc("Suppress normal output; set return code only."), cl::init(false),  cl::cat(bGrepOutputOptions));
55
56static cl::opt<bool> NormalizeLineBreaks("normalize-line-breaks", cl::desc("Normalize line breaks to std::endl."), cl::init(false),  cl::cat(bGrepOutputOptions));
57
58static cl::opt<bool> ShowFileNames("H", cl::desc("Show the file name with each matching line."), cl::cat(bGrepOutputOptions));
59static cl::alias ShowFileNamesLong("with-filename", cl::desc("Alias for -H"), cl::aliasopt(ShowFileNames));
60
61static cl::opt<bool> ShowLineNumbers("n", cl::desc("Show the line number with each matching line."), cl::cat(bGrepOutputOptions));
62static cl::alias ShowLineNumbersLong("line-number", cl::desc("Alias for -n"), cl::aliasopt(ShowLineNumbers));
63
64/// iNVESTIGATE: icgrep is reporting stdin is not empty even when nothing is being piped into it?
65static cl::opt<bool> UseStdIn("stdin", cl::desc("Read from standard input."), cl::cat(bGrepOutputOptions));
66
67bool isUTF_16 = false;
68std::string IRFilename = "icgrep.ll";
69std::string PTXFilename = "icgrep.ptx";
70
71static re::CC * parsedCodePointSet = nullptr;
72static std::vector<std::string> parsedPropertyValues;
73
74#ifdef CUDA_ENABLED
75int blockNo = 0;
76size_t * startPoints = nullptr;
77size_t * accumBytes = nullptr;
78#endif
79
80void GrepEngine::doGrep(const std::string & fileName, const int fileIdx, bool CountOnly, std::vector<size_t> & total_CountOnly) {
81    boost::filesystem::path file(fileName);
82    if (exists(file)) {
83        if (is_directory(file)) {
84            return;
85        }
86    } else {
87        if (!SilenceFileErrors) {
88            std::cerr << "Error: cannot open " << fileName << " for processing. Skipped.\n";
89            return;
90        }
91    }
92
93    const auto fileSize = file_size(file);
94    if (fileSize > 0) {
95        try {
96            boost::iostreams::mapped_file_source source(fileName, fileSize, 0);
97            char * fileBuffer = const_cast<char *>(source.data());
98           
99#ifdef CUDA_ENABLED 
100            if(codegen::NVPTX){
101                codegen::BlockSize = 128;
102                char * LineBreak;
103                if (posix_memalign((void**)&LineBreak, 32, fileSize)) {
104                    std::cerr << "Cannot allocate memory for linebreak.\n";
105                    exit(-1);
106                }
107                std::vector<size_t> LFPositions = preprocess(fileBuffer, fileSize, LineBreak);
108
109                const unsigned numOfGroups = codegen::GroupNum;
110                if (posix_memalign((void**)&startPoints, 8, (numOfGroups+1)*sizeof(size_t)) ||
111                    posix_memalign((void**)&accumBytes, 8, (numOfGroups+1)*sizeof(size_t))) {
112                    std::cerr << "Cannot allocate memory for startPoints or accumBytes.\n";
113                    exit(-1);
114                }
115
116                ulong * rslt = RunPTX(PTXFilename, fileBuffer, fileSize, CountOnly, LFPositions, startPoints, accumBytes);
117                if (CountOnly){
118                    exit(0);
119                }
120                else{
121                    size_t intputSize = startPoints[numOfGroups]-accumBytes[numOfGroups]+accumBytes[numOfGroups-1];
122                    mGrepFunction_CPU((char *)rslt, LineBreak, fileBuffer, intputSize, fileIdx);
123                    return;
124                }
125               
126            } 
127#endif
128            if (CountOnly) {
129                total_CountOnly[fileIdx] = mGrepFunction_CountOnly(fileBuffer, fileSize, fileIdx);
130            } else {
131                mGrepFunction(fileBuffer, fileSize, fileIdx);
132            }
133            source.close();
134        } catch (std::exception & e) {
135            if (!SilenceFileErrors) {
136                std::cerr << "Boost mmap error: " + fileName + ": " + e.what() + " Skipped.\n";
137                return;
138            }
139        }
140    } else {
141#ifdef CUDA_ENABLED
142        if (codegen::NVPTX){
143            std::cout << 0 << std::endl;
144            exit(0);
145        }
146#endif
147        if (CountOnly) {
148            total_CountOnly[fileIdx] = mGrepFunction_CountOnly(nullptr, 0, fileIdx);
149        } else {
150            mGrepFunction(nullptr, 0, fileIdx);
151        }
152    }
153}
154
155void GrepEngine::doGrep(const int fileIdx, bool CountOnly, std::vector<size_t> & total_CountOnly) {
156    if (CountOnly) {
157        total_CountOnly[fileIdx] = mGrepFunction_CountOnly(nullptr, 0, fileIdx);
158    } else {
159        mGrepFunction(nullptr, 0, fileIdx);
160    }
161}
162
163Function * generateGPUKernel(Module * m, IDISA::IDISA_Builder * iBuilder, bool CountOnly){
164    Type * const int64ty = iBuilder->getInt64Ty();
165    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
166    Type * const int32ty = iBuilder->getInt32Ty();
167    Type * const sizeTyPtr = PointerType::get(size_ty, 1);
168    Type * const int64tyPtr = PointerType::get(int64ty, 1);
169    Type * const inputType = PointerType::get(iBuilder->getInt8Ty(), 1);
170    Type * const resultTy = iBuilder->getVoidTy();
171    Function * kernelFunc = cast<Function>(m->getOrInsertFunction("GPU_Main", resultTy, inputType, sizeTyPtr, sizeTyPtr, int64tyPtr, nullptr));
172    kernelFunc->setCallingConv(CallingConv::C);
173    Function::arg_iterator args = kernelFunc->arg_begin();
174
175    Value * const inputPtr = &*(args++);
176    inputPtr->setName("inputPtr");
177    Value * const startPointsPtr = &*(args++);
178    startPointsPtr->setName("startPointsPtr");
179    Value * const bufferSizesPtr = &*(args++);
180    bufferSizesPtr->setName("bufferSizesPtr");
181    Value * const outputPtr = &*(args++);
182    outputPtr->setName("resultPtr");
183
184    BasicBlock * entryBlock = BasicBlock::Create(m->getContext(), "entry", kernelFunc, 0);
185    iBuilder->SetInsertPoint(entryBlock);
186
187    Function * tidFunc = m->getFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.tid.x");
188    Value * tid = iBuilder->CreateCall(tidFunc);
189    Function * bidFunc = cast<Function>(m->getOrInsertFunction("llvm.nvvm.read.ptx.sreg.ctaid.x", int32ty, nullptr));
190    Value * bid = iBuilder->CreateCall(bidFunc);
191
192    Value * startPoint = iBuilder->CreateLoad(iBuilder->CreateGEP(startPointsPtr, bid));
193
194    Function * mainFunc = m->getFunction("Main");
195    Value * startBlock = iBuilder->CreateUDiv(startPoint, ConstantInt::get(int64ty, iBuilder->getBitBlockWidth()));
196    Type * const inputStreamType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), 8), 1), 1);   
197    Value * inputStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(iBuilder->CreateBitCast(inputPtr, inputStreamType), startBlock);
198    Value * inputStream = iBuilder->CreateGEP(inputStreamPtr, tid);
199    Value * bufferSize = iBuilder->CreateLoad(iBuilder->CreateGEP(bufferSizesPtr, bid));
200
201    if (CountOnly) {
202        Value * strideBlocks = ConstantInt::get(int32ty, iBuilder->getStride() / iBuilder->getBitBlockWidth());
203        Value * outputThreadPtr = iBuilder->CreateGEP(outputPtr, iBuilder->CreateAdd(iBuilder->CreateMul(bid, strideBlocks), tid));
204        Value * result = iBuilder->CreateCall(mainFunc, {inputStream, bufferSize});
205        iBuilder->CreateStore(result, outputThreadPtr);
206    } else {
207        Type * const outputStremType = PointerType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), 1), 1);
208        Value * outputStreamPtr = iBuilder->CreateGEP(iBuilder->CreateBitCast(outputPtr, outputStremType), startBlock);
209        Value * outputStream = iBuilder->CreateGEP(outputStreamPtr, tid);
210        iBuilder->CreateCall(mainFunc, {inputStream, bufferSize, outputStream});
211    }   
212
213    iBuilder->CreateRetVoid();
214    return kernelFunc;
215}
216
217Function * generateCPUKernel(Module * m, IDISA::IDISA_Builder * iBuilder, GrepType grepType){
218    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
219    Type * const int8PtrTy = iBuilder->getInt8PtrTy();
220    Type * const rsltType = PointerType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), 1), 0);
221    Function * const mainCPUFn = cast<Function>(m->getOrInsertFunction("CPU_Main", iBuilder->getVoidTy(), rsltType, rsltType, int8PtrTy, size_ty, size_ty, nullptr));
222    mainCPUFn->setCallingConv(CallingConv::C);
223    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(m->getContext(), "entry", mainCPUFn, 0));
224    Function::arg_iterator args = mainCPUFn->arg_begin();
225   
226    Value * const rsltStream = &*(args++);
227    rsltStream->setName("rslt");
228    Value * const lbStream = &*(args++);
229    lbStream->setName("lb");
230    Value * const inputStream = &*(args++);
231    inputStream->setName("input");
232    Value * const fileSize = &*(args++);
233    fileSize->setName("fileSize");
234    Value * const fileIdx = &*(args++);
235    fileIdx->setName("fileIdx");
236
237    const unsigned segmentSize = codegen::SegmentSize;
238   
239    ExternalFileBuffer InputStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 8));
240    InputStream.setStreamSetBuffer(inputStream);
241
242    ExternalFileBuffer MatchResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1));
243    MatchResults.setStreamSetBuffer(rsltStream);
244
245    kernel::MMapSourceKernel mmapK1(iBuilder, segmentSize); 
246    mmapK1.setName("mmap1");
247    mmapK1.generateKernel({}, {&MatchResults});
248    mmapK1.setInitialArguments({fileSize});
249
250    ExternalFileBuffer LineBreak(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1));
251    LineBreak.setStreamSetBuffer(lbStream);
252   
253    kernel::MMapSourceKernel mmapK2(iBuilder, segmentSize); 
254    mmapK2.setName("mmap2");
255    mmapK2.generateKernel({}, {&LineBreak});
256    mmapK2.setInitialArguments({fileSize});
257
258    kernel::ScanMatchKernel scanMatchK(iBuilder, grepType, 8);
259    scanMatchK.generateKernel({&InputStream, &MatchResults, &LineBreak}, {});
260    scanMatchK.setInitialArguments({fileIdx});
261   
262    generatePipeline(iBuilder, {&mmapK1, &mmapK2, &scanMatchK});
263    iBuilder->CreateRetVoid();
264
265    return mainCPUFn;
266}
267
268void GrepEngine::multiGrepCodeGen(std::string moduleName, std::vector<re::RE *> REs, bool CountOnly, bool UTF_16, GrepType grepType) {
269
270    isUTF_16 = UTF_16;
271    Module * M = new Module(moduleName + ":icgrep", getGlobalContext());; 
272    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = IDISA::GetIDISA_Builder(M);; 
273
274    const unsigned segmentSize = codegen::SegmentSize;
275    const unsigned bufferSegments = codegen::BufferSegments * codegen::ThreadNum;
276    const unsigned encodingBits = UTF_16 ? 16 : 8;
277
278    mGrepType = grepType;
279
280    Type * const sizeTy = iBuilder->getSizeTy();
281    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), encodingBits), 1), 0);
282    Type * const resultTy = CountOnly ? sizeTy : iBuilder->getVoidTy();
283
284    Function * mainFn = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("Main", resultTy, inputType, sizeTy, sizeTy, nullptr));
285    mainFn->setCallingConv(CallingConv::C);
286    iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", mainFn, 0));
287    Function::arg_iterator args = mainFn->arg_begin();
288   
289    Value * inputStream = &*(args++);
290    inputStream->setName("input");
291    Value * fileSize = &*(args++);
292    fileSize->setName("fileSize");
293    Value * fileIdx = &*(args++);
294    fileIdx->setName("fileIdx");
295
296    StreamSetBuffer * byteStream = nullptr;
297    kernel::KernelBuilder * sourceK = nullptr;
298//    if (usingStdIn) {
299//        byteStream = new ExtensibleBuffer(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 8));
300//        cast<ExtensibleBuffer>(byteStream)->allocateBuffer();
301//        sourceK = new kernel::StdInKernel(iBuilder, segmentSize);
302//        sourceK->generateKernel({}, {byteStream});
303//    } else {
304        byteStream = new ExternalFileBuffer(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 8));
305        cast<ExternalFileBuffer>(byteStream)->setStreamSetBuffer(inputStream);
306        sourceK = new kernel::MMapSourceKernel(iBuilder, segmentSize * bufferSegments);
307        sourceK->generateKernel({}, {byteStream});
308        sourceK->setInitialArguments({fileSize});
309//    }
310
311    CircularBuffer BasisBits(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(8), segmentSize * bufferSegments);
312    BasisBits.allocateBuffer();
313
314    kernel::S2PKernel  s2pk(iBuilder);
315    s2pk.generateKernel({byteStream}, {&BasisBits});
316   
317    std::vector<pablo::PabloKernel *> icgrepKs;
318    std::vector<StreamSetBuffer *> MatchResultsBufs;
319
320    for(unsigned i=0; i<REs.size(); i++){   
321        pablo::PabloKernel * icgrepK = new pablo::PabloKernel(iBuilder, "icgrep"+std::to_string(i), {Binding{iBuilder->getStreamSetTy(8), "basis"}, Binding{iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), "linebreak"}});
322        re::re2pablo_compiler(icgrepK, re::regular_expression_passes(REs[i]), false);
323        pablo_function_passes(icgrepK);
324        icgrepKs.push_back(icgrepK);
325        CircularBuffer * MatchResults = new CircularBuffer(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(2, 1), segmentSize * bufferSegments);       
326        MatchResults->allocateBuffer();
327        MatchResultsBufs.push_back(MatchResults);
328    }   
329
330    std::vector<kernel::KernelBuilder *> KernelList;
331    KernelList.push_back(sourceK);
332    KernelList.push_back(&s2pk);
333
334    CircularBuffer mergedResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), segmentSize * bufferSegments);
335    mergedResults.allocateBuffer();
336
337    kernel::StreamsMerge streamsMergeK(iBuilder, 1, REs.size());
338    streamsMergeK.generateKernel(MatchResultsBufs, {&mergedResults});
339
340    kernel::LineBreakKernelBuilder linebreakK(iBuilder, "lb", encodingBits);
341    CircularBuffer LineBreakStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), segmentSize * bufferSegments);
342    LineBreakStream.allocateBuffer();
343    linebreakK.generateKernel({&BasisBits}, {&LineBreakStream});
344   
345    KernelList.push_back(&linebreakK);
346    for(unsigned i=0; i<REs.size(); i++){
347        icgrepKs[i]->generateKernel({&BasisBits, &LineBreakStream}, {MatchResultsBufs[i]});
348        KernelList.push_back(icgrepKs[i]);
349    }
350    KernelList.push_back(&streamsMergeK);
351
352    if (CountOnly) {
353        kernel::MatchCount matchCountK(iBuilder);
354        matchCountK.generateKernel({&mergedResults}, {}); 
355
356        KernelList.push_back(&matchCountK); 
357
358        generatePipeline(iBuilder, KernelList);
359        iBuilder->CreateRet(matchCountK.getScalarField(matchCountK.getInstance(), "matchedLineCount"));
360
361    } else {
362        kernel::ScanMatchKernel scanMatchK(iBuilder, mGrepType, encodingBits);
363        scanMatchK.generateKernel({byteStream, &mergedResults, &LineBreakStream}, {});
364        scanMatchK.setInitialArguments({fileIdx});
365
366        KernelList.push_back(&scanMatchK);
367
368        generatePipeline(iBuilder, KernelList);
369       
370        iBuilder->CreateRetVoid();
371    }
372   
373    mEngine = JIT_to_ExecutionEngine(M);
374    ApplyObjectCache(mEngine);
375    icgrep_Linking(M, mEngine);
376
377#ifndef NDEBUG
378    verifyModule(*M, &dbgs());
379#endif
380
381    mEngine->finalizeObject();
382    delete iBuilder;
383    delete sourceK;
384    delete byteStream;
385
386    if (CountOnly) {
387        mGrepFunction_CountOnly = reinterpret_cast<GrepFunctionType_CountOnly>(mEngine->getPointerToFunction(mainFn));
388    } else {
389        mGrepFunction = reinterpret_cast<GrepFunctionType>(mEngine->getPointerToFunction(mainFn));
390    }
391
392}
393
394void GrepEngine::grepCodeGen(std::string moduleName, re::RE * re_ast, bool CountOnly, bool UTF_16, GrepType grepType, const bool usingStdIn) {
395    isUTF_16 = UTF_16;
396    int addrSpace = 0;
397    bool CPU_Only = true;
398    Module * M = nullptr; 
399    IDISA::IDISA_Builder * iBuilder = nullptr; 
400
401#ifdef CUDA_ENABLED
402    setNVPTXOption(); 
403    if (codegen::NVPTX) {
404        Module * gpuM = new Module(moduleName+":gpu", getGlobalContext());
405        IDISA::IDISA_Builder * GPUBuilder = IDISA::GetIDISA_GPU_Builder(gpuM);
406        M = gpuM;
407        iBuilder = GPUBuilder;
408        M->setDataLayout("e-p:64:64:64-i1:8:8-i8:8:8-i16:16:16-i32:32:32-i64:64:64-f32:32:32-f64:64:64-v16:16:16-v32:32:32-v64:64:64-v128:128:128-n16:32:64");
409        M->setTargetTriple("nvptx64-nvidia-cuda");
410        addrSpace = 1;
411        CPU_Only = false;
412        codegen::BlockSize = 64;
413    }
414#endif
415
416    Module * cpuM = new Module(moduleName + ":cpu", getGlobalContext());
417    IDISA::IDISA_Builder * CPUBuilder = IDISA::GetIDISA_Builder(cpuM);
418
419    if (CPU_Only) {
420        M = cpuM;
421        iBuilder = CPUBuilder;
422    }
423
424    // segment size made availabe for each call to the mmap source kernel
425    const unsigned segmentSize = codegen::SegmentSize;
426    const unsigned bufferSegments = codegen::BufferSegments * codegen::ThreadNum;
427    const unsigned encodingBits = UTF_16 ? 16 : 8;
428
429    mGrepType = grepType;
430
431    Type * const size_ty = iBuilder->getSizeTy();
432    Type * const inputType = PointerType::get(ArrayType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), encodingBits), 1), addrSpace);
433    Type * const resultTy = CountOnly ? size_ty : iBuilder->getVoidTy();
434
435    Function * mainFn = nullptr;
436    Value * inputStream = nullptr;
437    Value * fileSize = nullptr;
438    Value * fileIdx = nullptr;
439
440#ifdef CUDA_ENABLED   
441    Value * outputStream = nullptr;
442    Type * const outputType = PointerType::get(ArrayType::get(iBuilder->getBitBlockType(), 1), addrSpace);
443    if (codegen::NVPTX){
444        if (CountOnly){
445            mainFn = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("Main", resultTy, inputType, size_ty, nullptr));
446            mainFn->setCallingConv(CallingConv::C);
447            iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", mainFn, 0));
448            Function::arg_iterator args = mainFn->arg_begin();
449           
450            inputStream = &*(args++);
451            inputStream->setName("input");
452            fileSize = &*(args++);
453            fileSize->setName("fileSize");
454        } else {
455            mainFn = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("Main", resultTy, inputType, size_ty, outputType, nullptr));
456            mainFn->setCallingConv(CallingConv::C);
457            iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", mainFn, 0));
458            Function::arg_iterator args = mainFn->arg_begin();
459           
460            inputStream = &*(args++);
461            inputStream->setName("input");
462            fileSize = &*(args++);
463            fileSize->setName("fileSize");
464            outputStream = &*(args++);
465            outputStream->setName("output");
466        }
467    } 
468#endif
469    if (CPU_Only) {
470        mainFn = cast<Function>(M->getOrInsertFunction("Main", resultTy, inputType, size_ty, size_ty, nullptr));
471        mainFn->setCallingConv(CallingConv::C);
472        iBuilder->SetInsertPoint(BasicBlock::Create(M->getContext(), "entry", mainFn, 0));
473        Function::arg_iterator args = mainFn->arg_begin();
474       
475        inputStream = &*(args++);
476        inputStream->setName("input");
477        fileSize = &*(args++);
478        fileSize->setName("fileSize");
479        fileIdx = &*(args++);
480        fileIdx->setName("fileIdx");
481
482    } 
483
484    StreamSetBuffer * byteStream = nullptr;
485    kernel::KernelBuilder * sourceK = nullptr;
486    if (usingStdIn) {
487        // TODO: use fstat(STDIN_FILENO) to see if we can mmap the stdin safely and avoid the calls to read
488
489        byteStream = new ExtensibleBuffer(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 8), segmentSize * bufferSegments);
490        cast<ExtensibleBuffer>(byteStream)->allocateBuffer();
491        sourceK = new kernel::StdInKernel(iBuilder, segmentSize);
492        sourceK->generateKernel({}, {byteStream});
493    } else {
494        byteStream = new ExternalFileBuffer(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 8));
495        cast<ExternalFileBuffer>(byteStream)->setStreamSetBuffer(inputStream);
496        sourceK = new kernel::MMapSourceKernel(iBuilder, segmentSize);
497        sourceK->generateKernel({}, {byteStream});
498        sourceK->setInitialArguments({fileSize});
499    }
500   
501    CircularBuffer BasisBits(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(8), segmentSize * bufferSegments);
502
503    kernel::S2PKernel  s2pk(iBuilder);
504    s2pk.generateKernel({byteStream}, {&BasisBits});
505   
506    kernel::LineBreakKernelBuilder linebreakK(iBuilder, "lb", encodingBits);
507    CircularBuffer LineBreakStream(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), segmentSize * bufferSegments);
508
509    linebreakK.generateKernel({&BasisBits}, {&LineBreakStream});
510    LineBreakStream.allocateBuffer();
511
512    pablo::PabloKernel icgrepK(iBuilder, "icgrep", {Binding{iBuilder->getStreamSetTy(8), "basis"}, Binding{iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), "linebreak"}});
513    re::re2pablo_compiler(&icgrepK, re::regular_expression_passes(re_ast), CountOnly);
514    pablo_function_passes(&icgrepK);
515
516
517    BasisBits.allocateBuffer();
518
519    if (CountOnly) {
520        icgrepK.generateKernel({&BasisBits, &LineBreakStream}, {});
521        generatePipeline(iBuilder, {sourceK, &s2pk, &linebreakK, &icgrepK});
522        iBuilder->CreateRet(icgrepK.createGetAccumulatorCall(icgrepK.getInstance(), "matchedLineCount"));
523    } else {
524#ifdef CUDA_ENABLED
525        if (codegen::NVPTX){
526            ExternalFileBuffer MatchResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), addrSpace);
527            MatchResults.setStreamSetBuffer(outputStream);
528
529            icgrepK.generateKernel({&BasisBits, &LineBreakStream},  {&MatchResults});
530            generatePipelineLoop(iBuilder, {sourceK, &s2pk, &linebreakK, &icgrepK});
531
532        }
533#endif
534        if (CPU_Only) {
535            CircularBuffer MatchResults(iBuilder, iBuilder->getStreamSetTy(1, 1), segmentSize * bufferSegments);
536            MatchResults.allocateBuffer();
537
538            icgrepK.generateKernel({&BasisBits, &LineBreakStream}, {&MatchResults});
539
540            kernel::ScanMatchKernel scanMatchK(iBuilder, mGrepType, encodingBits);
541            scanMatchK.generateKernel({byteStream, &MatchResults, &LineBreakStream}, {});
542            scanMatchK.setInitialArguments({fileIdx});
543           
544            generatePipeline(iBuilder, {sourceK, &s2pk, &linebreakK, &icgrepK, &scanMatchK});
545        }
546        iBuilder->CreateRetVoid();
547    }
548
549#ifdef CUDA_ENABLED
550    Function * mainCPUFn = nullptr;
551    if(codegen::NVPTX){
552        Function * kernelFunction = generateGPUKernel(M, iBuilder, CountOnly);
553        MDNode * Node = MDNode::get(M->getContext(),
554                                    {llvm::ValueAsMetadata::get(kernelFunction),
555                                     MDString::get(M->getContext(), "kernel"), 
556                                     ConstantAsMetadata::get(ConstantInt::get(iBuilder->getInt32Ty(), 1))});
557        NamedMDNode *NMD = M->getOrInsertNamedMetadata("nvvm.annotations");
558        NMD->addOperand(Node);
559   
560        Compile2PTX(M, IRFilename, PTXFilename);
561        mainCPUFn = generateCPUKernel(cpuM, CPUBuilder, mGrepType);
562        if (CountOnly) return;
563    }
564#endif
565
566
567    mEngine = JIT_to_ExecutionEngine(cpuM);
568    ApplyObjectCache(mEngine);
569    icgrep_Linking(cpuM, mEngine);
570
571#ifndef NDEBUG
572    verifyModule(*M, &dbgs());
573#endif
574
575    mEngine->finalizeObject();
576    delete iBuilder;
577    delete sourceK;
578    delete byteStream;
579   
580    if (CountOnly) {
581        mGrepFunction_CountOnly = reinterpret_cast<GrepFunctionType_CountOnly>(mEngine->getPointerToFunction(mainFn));
582    } else {
583#ifdef CUDA_ENABLED
584        if(codegen::NVPTX){
585            mGrepFunction_CPU = reinterpret_cast<GrepFunctionType_CPU>(mEngine->getPointerToFunction(mainCPUFn));
586        }
587#endif
588        if (CPU_Only) {
589            mGrepFunction = reinterpret_cast<GrepFunctionType>(mEngine->getPointerToFunction(mainFn));
590        }
591    }
592
593}
594
595re::CC * GrepEngine::grepCodepoints() {
596    parsedCodePointSet = re::makeCC();
597    char * mFileBuffer = getUnicodeNameDataPtr();
598    size_t mFileSize = getUnicodeNameDataSize();
599    mGrepFunction(mFileBuffer, mFileSize, 0);
600    return parsedCodePointSet;
601}
602
603const std::vector<std::string> & GrepEngine::grepPropertyValues(const std::string& propertyName) {
604    enum { MaxSupportedVectorWidthInBytes = 32 };
605    AlignedAllocator<char, MaxSupportedVectorWidthInBytes> alloc;
606    parsedPropertyValues.clear();
607    const std::string & str = UCD::getPropertyValueGrepString(propertyName);
608    const auto n = str.length();
609    // NOTE: MaxSupportedVectorWidthInBytes of trailing 0s are needed to prevent the grep function from
610    // erroneously matching garbage data when loading the final partial block.
611    char * aligned = alloc.allocate(n + MaxSupportedVectorWidthInBytes, 0);
612    std::memcpy(aligned, str.data(), n);
613    std::memset(aligned + n, 0, MaxSupportedVectorWidthInBytes);
614    mGrepFunction(aligned, n, 0);
615    alloc.deallocate(aligned, 0);
616    return parsedPropertyValues;
617}
618
619static int * total_count;
620static std::stringstream * resultStrs = nullptr;
621static std::vector<std::string> inputFiles;
622
623void initFileResult(std::vector<std::string> filenames){
624    const int n = filenames.size();
625    if (n > 1) {
626        ShowFileNames = true;
627    }
628    inputFiles = filenames;
629    resultStrs = new std::stringstream[n];
630    total_count = new int[n];
631    for (unsigned i = 0; i < inputFiles.size(); ++i){
632        total_count[i] = 0;
633    }
634   
635}
636
637template<typename CodeUnit>
638void wrapped_report_match(const size_t lineNum, size_t line_start, size_t line_end, const CodeUnit * const buffer, const size_t filesize, const int fileIdx) {
639    assert (buffer);
640    assert (line_start <= line_end);
641    assert (line_end <= filesize);
642
643#ifdef CUDA_ENABLED
644if (codegen::NVPTX){
645    while(line_start>startPoints[blockNo]) blockNo++;
646    line_start -= accumBytes[blockNo-1];
647    line_end -= accumBytes[blockNo-1];
648}
649#endif
650
651    if (ShowFileNames) {
652        resultStrs[fileIdx] << inputFiles[fileIdx] << ':';
653    }
654    if (ShowLineNumbers) {
655        resultStrs[fileIdx] << lineNum << ":";
656    }
657
658    // If the line "starts" on the LF of a CRLF, it is actually the end of the last line.
659    if ((buffer[line_start] == 0xA) && (line_start != line_end)) {
660        ++line_start;
661    }
662
663    if (LLVM_UNLIKELY(line_end == filesize)) {
664        // The match position is at end-of-file.   We have a final unterminated line.
665        resultStrs[fileIdx].write((char *)&buffer[line_start], (line_end - line_start) * sizeof(CodeUnit));
666        if (NormalizeLineBreaks) {
667            resultStrs[fileIdx] << '\n';  // terminate it
668        }
669    } else {
670        const auto end_byte = buffer[line_end];
671        if (NormalizeLineBreaks) {
672            if (LLVM_UNLIKELY(end_byte == 0x85)) {
673                // Line terminated with NEL, on the second byte.  Back up 1.
674                line_end -= 1;
675            } else if (LLVM_UNLIKELY(end_byte > 0xD)) {
676                // Line terminated with PS or LS, on the third byte.  Back up 2.
677                line_end -= 2;
678            }
679            resultStrs[fileIdx].write((char *)&buffer[line_start], (line_end - line_start) * sizeof(CodeUnit));
680            resultStrs[fileIdx] << '\n';
681        } else {
682            if (end_byte == 0x0D) {
683                // Check for line_end on first byte of CRLF; we don't want to access past the end of buffer.
684                if ((line_end + 1) < filesize) {
685                    if (buffer[line_end + 1] == 0x0A) {
686                        // Found CRLF; preserve both bytes.
687                        ++line_end;
688                    }
689                }
690            }
691            resultStrs[fileIdx].write((char *)&buffer[line_start], (line_end - line_start + 1) * sizeof(CodeUnit));
692        }
693    }
694}
695
696void PrintResult(bool CountOnly, std::vector<size_t> & total_CountOnly){
697   
698    if(CountOnly){
699        if (!ShowFileNames) {
700            for (unsigned i = 0; i < inputFiles.size(); ++i){
701                std::cout << total_CountOnly[i] << std::endl;
702            }
703        }
704        else {
705            for (unsigned i = 0; i < inputFiles.size(); ++i){
706                std::cout << inputFiles[i] << ':' << total_CountOnly[i] << std::endl;
707            };
708        }
709        return;
710    }
711   
712    for (unsigned i = 0; i < inputFiles.size(); ++i){
713        std::cout << resultStrs[i].str();
714    }
715}
716
717void insert_codepoints(const size_t lineNum, const size_t line_start, const size_t line_end, const char * const buffer) {
718    assert (buffer);
719    assert (line_start <= line_end);
720    re::codepoint_t c = 0;
721    size_t line_pos = line_start;
722    while (isxdigit(buffer[line_pos])) {
723        assert (line_pos < line_end);
724        if (isdigit(buffer[line_pos])) {
725            c = (c << 4) | (buffer[line_pos] - '0');
726        }
727        else {
728            c = (c << 4) | (tolower(buffer[line_pos]) - 'a' + 10);
729        }
730        line_pos++;
731    }
732    assert(((line_pos - line_start) >= 4) && ((line_pos - line_start) <= 6)); // UCD format 4 to 6 hex digits.
733    parsedCodePointSet->insert(c);
734}
735
736void insert_property_values(size_t lineNum, size_t line_start, size_t line_end, const char * buffer) {
737    assert (line_start <= line_end);
738    parsedPropertyValues.emplace_back(buffer + line_start, buffer + line_end);
739}
740
741void icgrep_Linking(Module * m, ExecutionEngine * e) {
742    Module::FunctionListType & fns = m->getFunctionList();
743    for (auto it = fns.begin(), it_end = fns.end(); it != it_end; ++it) {
744        std::string fnName = it->getName().str();
745        if (fnName == "s2p_block") continue;
746        if (fnName == "process_block") continue;
747        if (fnName == "process_block_initialize_carries") continue;
748       
749        if (fnName == "wrapped_report_match8") {
750            e->addGlobalMapping(cast<GlobalValue>(it), (void *)&wrapped_report_match<uint8_t>);
751        }
752        if (fnName == "wrapped_report_match16") {
753            e->addGlobalMapping(cast<GlobalValue>(it), (void *)&wrapped_report_match<uint16_t>);
754        }
755        if (fnName == "insert_codepoints") {
756            e->addGlobalMapping(cast<GlobalValue>(it), (void *)&insert_codepoints);
757        }
758        if (fnName == "insert_property_values") {
759            e->addGlobalMapping(cast<GlobalValue>(it), (void *)&insert_property_values);
760        }
761    }
762}
763
764GrepEngine::GrepEngine()
765: mGrepFunction(nullptr)
766, mGrepFunction_CountOnly(nullptr)
767, mGrepFunction_CPU(nullptr)
768, mGrepType(GrepType::Normal)
769, mEngine(nullptr) {
770
771}
772
773GrepEngine::~GrepEngine() {
774    delete mEngine;
775}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.